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摘要:本发明公开一种基于不同存储层次的基因测序数据外排序方法及装置,属于计算机系统结构设计和数据排序技术领域,提出以下方案:基于不同存储层次的基因测序数据外排序方法,包括:读取待排序数据所需的存储容量,以判断待排序数据的大小;若待排序数据的大小超过预设阈值,则将待排序数据经第一存储器、第二存储器和第三存储器分级排序;在对待排序数据排序后,将待排序数据的排序结果写回外部存储器进行存储。本发明技术方案保证了基因测序数据排序的性能,同时提升了对于基因测序数据排序的效率。
主权项:1.基于不同存储层次的基因测序数据外排序方法,其特征在于,包括:读取待排序数据所需的存储容量,以判断所述待排序数据的大小;若所述待排序数据的大小超过预设阈值,则将所述待排序数据经第一存储器、第二存储器和第三存储器分级排序;采用硬件网络完成基因测序数据排序,所述硬件网络包括第一存储器、第二存储器和第三存储器,具体地,通过采用第一存储器、第二存储器和第三存储器完成基因测序数据排序;在对所述待排序数据排序后,将待排序数据的排序结果写回外部存储器进行存储;所述第一存储器的存储容量小于所述第二存储器的存储容量,所述第二存储器的存储容量小于所述第三存储器的存储容量;所述第一存储器为静态随机存取存储,所述第二存储器为动态随机存取存储器,所述第三存储器为外部存储器;若所述待排序数据的大小超过预设阈值,则将所述待排序数据经第一存储器、第二存储器和第三存储器分级排序的步骤包括:经第一存储器将所述待排序数据均等分割成多个第一基因测序数据;分别对所述待排序数据中的每一第一基因测序数据进行无损压缩;对无损压缩后的各第一基因测序数据进行双调排序;所述对无损压缩后的各第一基因测序数据进行双调排序的步骤之后包括:经第二存储器将排序后的各第一基因测序数据根据树状结构合并成多个第二基因测序数据;对合并成的各第二基因测序数据进行双调排序,具体地,在合并后基于硬件网络对多个第二基因测序数据进行双调排序;所述对合并成的各第二基因测序数据进行双调排序的步骤之后还包括:经第三存储器将排序后的各第二基因测序数据根据树状结构合并成多个第三基因测序数据;对合并成的各第三基因测序数据进行双调排序,具体地,在合并后基于硬件网络对多个第三基因测序数据进行双调排序。
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