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摘要:本发明属于生物信息技术领域,具体涉及一种对转录组长readsRNA‑seq数据进行高效聚类的方法。所述方法包括S1:将需要聚类的所有reads进行预筛选,生成伪参考序列集合,所述伪参考序列集合中的每个伪参考序列对应一个单独的基因序列;S2:将测序reads与所述伪参考序列进行比对,根据比对结果,将来自相同基因的测序reads聚为一类,得到测序reads的名与类。本发明提供的方法避免了两两比对,节省了大量的计算资源,提高计算效率,同时还能够得到较为精确的最终结果。本发明提供的方法能够充分发挥长度长测序的优势,使三代转录组测序的大规模应用成为可能。
主权项:1.一种对转录组长readsRNA-seq数据进行高效聚类的方法,其特征在于,所述方法包括:S1:将需要聚类的所有reads进行预筛选,生成伪参考序列集合,所述伪参考序列集合中的每个伪参考序列对应一个单独的基因序列;S2:假设集合R是需要聚类的所有reads的集合,将集合R所有reads与所述伪参考序列集合中的伪参考序列进行比对,根据比对结果,将来自相同基因的测序reads聚为一类,得到测序reads的名与类。
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百度查询: 山东大学 一种对转录组长readsRNA-seq数据进行高效聚类的方法
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