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申请/专利权人：天津医科大学;首都医科大学

摘要：本发明提供了一种实时估算新发传染病变异病原传播优势的统计学方法，属于传染病分析技术领域，包括以下步骤：S1、根据代际间隔的概率分布、每日新增病例数及过往的不同病原株的观测比例构建关于未来病例计数的似然函数；S2、根据各变异株的观测比例分布构建变异株分布的似然函数；S3、将关于未来病例计数的似然函数和变异株分布的似然函数结合得到总体的似然函数。本发明采用上述的一种实时估算新发传染病变异病原传播优势的统计学方法，可以为公共卫生监测系统提供具有流行潜力的新型病原体的早期预警信号。

主权项：1.一种实时估算新发传染病变异病原传播优势的统计学方法，其特征在于，包括以下步骤：S1、根据代际间隔的概率分布、每日新增病例数及过往的不同病原株的观测比例构建关于未来病例计数的似然函数；S2、根据各变异株的观测比例分布构建变异株分布的似然函数；S3、将关于未来病例计数的似然函数和变异株分布的似然函数结合得到总体的似然函数；步骤S1中，根据代际间隔的概率分布、每日新增病例数及过往的不同病原株的观测比例构建关于未来病例计数的似然函数，具体流程如下：基于基因测序数据，第天的原始株的观测比例为，变异株的观测比例为，与的关系如下： （1）根据更新方程，第天的观测到的新增病例数的期望值为： （2）其中，表示期望函数；为原始株的时变再生数；为代际间隔为天的概率；为第天原始株的观测比例；为第天的观测到的新增病例数；为第天变异株的观测比例；为原始株相对于变异株的即时传播优势，计算公式如下： （3）采用泊松概率分布对参数化，进而构建关于未来病例计数的似然函数： （4）其中，代表指数函数；代表阶乘函数；的上标仅用于表示该似然函数是针对病例数构建的，并不代表统计效力；更新方程的表达式为： （5）步骤S2中，根据各变异株的观测比例分布构建变异株分布的似然函数，具体流程如下：对于基因测序数据，用和表示第天观测到的原始株和变异株的数量，则第天变异株的观测比例的期望值如下： （6）进一步有， （7）将每日观测到的变异株的比例模拟为伯努利过程，并使用伯努利概率分布构建变异株分布的似然函数： （8）其中，的上标仅用于表示该似然函数是针对毒株建立的，其不代表统计效力；步骤S3中，将关于未来病例计数的似然函数和变异株分布的似然函数结合得到总体的似然函数，具体流程如下：通过公式（4）和公式（8）构建总体似然函数，如等式（9）所示： （9）。

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