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申请/专利权人：华南理工大学
摘要：本发明公开了一种基于改进粒子群算法的蛋白质吸附最优构型的优化方法，主要包括如下流程：首先下载蛋白质的结构文件以及蛋白质将要吸附的界面的结构文件，同时生成相对应的力场文件作为输入文件进行吸附体系的构建。接下来程序会自动构建相对应的蛋白质在界面上的吸附体系，同时会构建由28个粒子构成的粒子群去探索蛋白质在吸附界面上的最优吸附构型，首先会初始化28个随机离子的速度和位置信息，然后通过粒子的动态演化找到当前的最优解，在每一次的迭代中，粒子通过跟踪两个值Pi和Pg来更新粒子的信息。当前的粒子群最优适应值达到收敛精度时，粒子群停止迭代并输出全局最优的吸附构型。
主权项：1.基于改进粒子群算法的蛋白质吸附构型优化方法，其特征在于包括如下步骤：步骤S1：通过蛋白质数据库获取感兴趣蛋白质的结构文件，并下载相应的PDB结构文件；通过GROMACS软件包中的pdb2gmx模块生成对应的蛋白质力场文件，在生成力场文件时，选择适当的力场参数；然后构建蛋白质吸附的界面模型以及相对应的力场文件；步骤S2：设置粒子群算法的参数，并执行程序；步骤S3：当粒子群连续十次迭代的最优值相差0.000001时，即认为达到了误差的收敛标准，结束训练，输出最终的结果；否则的话继续训练直到达到最大的训练次数；步骤S4：在程序执行完成后，在结果中找到每一次迭代的体系的能量以及蛋白质的取向，并以最后一次的蛋白质取向结果作为后续继续研究的蛋白质最优取向。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 华南理工大学 基于改进粒子群算法的蛋白质吸附构型优化方法
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