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申请/专利权人：中国农业科学院作物科学研究所
摘要：本发明涉及一种基于连锁不平衡度的基因分型错误检测和纠正方法，包括：获取全基因组标记基因型数据并转换为ABH格式；将所有标记按物理位置进行染色体划分和排序；对每条染色体上的标记依次进行错误基因型检测；每个标记的检测包括：针对每个个体，寻找与当前标记CM最近的左右侧连无缺失标记LM和RM；若CM的基因型与LM和RM的基因型均相同，则CM的基因型被判定为无错基因型；若CM的基因型与LM或RM的基因型不同，则计算CM的A、H、B基因型的条件概率；将条件概率低于最小概率水平的基因型判定为基因分型错误，并将其校正为条件概率最大的基因型。该方法可准确判定和纠正自然群体和有控制杂交群体中不同类型高通量标记基因分型错误。
主权项：1.一种基于连锁不平衡度的群体基因分型错误检测和纠正方法，其特征在于，包括如下步骤：S1：获取待测群体的全基因组标记基因型数据并将碱基形式的基因型数据转换为ABH格式，其中A代表高频等位基因对应的基因型，B代表低频等位基因对应的基因型，H代表杂合基因型；S2：基于待测群体所属物种的参考物理图谱，将所有标记按物理位置进行染色体划分和排序；S3：对每条染色体上的标记依次进行错误基因型检测；每个标记的错误基因型检测包括：针对待测群体的每个个体，寻找与当前标记CM最近的左右侧连无缺失标记LM和RM；i若CM的基因型与LM和RM的基因型均相同，则CM的基因型被判定为无错基因型；ii若CM的基因型与LM或RM的基因型不同，则利用待测群体内所有个体的基因型数据，分别计算LM与CM之间的连锁不平衡度D1、CM与RM之间的连锁不平衡度D2、以及LM与RM之间的连锁不平衡度D；利用数量遗传学和概率统计学方法，基于LM和RM的基因型，LM、RM和CM中等位基因A和B的频率，以及D1、D2和D，计算CM的A、H、B基因型的条件概率CPA、CPH、CPB；将条件概率低于设定的最小概率水平的基因型判定为基因分型错误，并将其校正为条件概率最大的基因型。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 中国农业科学院作物科学研究所 一种基于连锁不平衡度的基因分型错误检测和纠正方法
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