买专利卖专利找龙图腾，真高效！ 查专利查商标用IPTOP,全免费！专利年费监控用IP管家,真方便！

申请/专利权人：浙江省农业科学院

摘要：本发明一种基于多组学数据的杂交黄鱼生长杂种优势候选基因筛选方法，步骤为：1）实验鱼的选择及处理；2）mRNA文库构建及测序：3）转录组数据分析；4）DNA甲基化文库构建及测序；5）甲基化测序数据分析；6）转录组和甲基化组关联分析。本发明筛选方法不仅可快速、准确挖掘到杂交黄鱼生长优势关键候选基因，同时可为生长杂种优势分子机制解析提供基础，对黄鱼遗传育种具有重要意义。

主权项：1.一种基于多组学数据的杂交黄鱼生长杂种优势候选基因筛选方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：1实验鱼的选择及处理：将正交黄鱼、反交黄鱼、大黄鱼及小黄鱼用丁香酚麻醉后分别取其脑、肝脏和肌肉组织，取出后立即放于液氮中冷冻保存，每种鱼的每个组织设置多个平行得到多个样本，用于转录组测序RNA-Seq和全基因组甲基化测序WGBS；2mRNA文库构建及测序：使用TRIzol分别提取步骤1制得的多个样本的总RNA，然后利用NanoDrop和Agilent2100生物分析仪检测RNA浓度和质量；RNA完整性数值RIN≥7.0的样品可用于构建mRNA文库，以保证测序数据的可靠性；文库构建完成后使用BGIseq500平台测序，获得原始数据Rawdata；3转录组数据分析：利用SOAPnukev1.5.2对Rawdata进行过滤，去除低质量、接头污染以及未知碱基N含量过高的reads，最终获得Cleanreads；使用HISAT2v2.0.4将每个样本的Cleanreads比对到大黄鱼参考基因组上；通过RSEMv1.2.12计算各个样品的基因表达水平，DESeq2v1.4.5进行差异表达基因DEGs检测P≤0.05，并用Phyper对注释到的DEGs进行GO和KEGG富集分析；4DNA甲基化文库构建及测序：使用与RNA-Seq相同的样品构建DNA甲基化文库，文库经质量评估后，在IlluminaNovaSeq平台Illumina，CA，USA上进行测序；5甲基化测序数据分析：采用fastpfastp0.20.0对原始数据进行过滤，去除低质量和接头序列，获得Cleanreads，并将Cleanreads比对到大黄鱼参考基因组上；采用Bismark进行甲基化位点检测，利用公式ML＝mCmC+umC计算每个位点的甲基化水平，其中mC和umC分别代表甲基化C和未甲基化C的个数，使用DSS分析软件进行差异甲基化区域DMRs的鉴定；最后，分别使用GOseqR和KOBAS对差异甲基化基因DMGs进行GO和KEGG富集分析；6转录组和甲基化组关联分析：首先从染色体层面和基因上下游层面基因甲基化水平与表达水平分布两个方面分析DNA甲基化修饰与基因表达的关系；以甲基化分析得到的DMRs相关基因DMGs为主体，分析基因表达与甲基化修饰的关系；将DMGs与转录组分析得到的DEGs取交集，对交集基因DMEGs的甲基化水平和表达量进行分析，并对DMEGs进行GO和KEGG富集分析，筛选出杂交黄鱼生长杂种优势关键候选基因。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 浙江省农业科学院 一种基于多组学数据的杂交黄鱼生长杂种优势候选基因筛选方法