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申请/专利权人:北京群峰纳源健康科技有限公司
摘要:本发明公开了一种检测细菌16SrDNA全长的建库测序方法,通过在每个样品上加上分子标签UMI,分别扩增得到连接文库和拼接文库,对两个文库进行测序,通过识别UMI组合的方式提取数据,并组装出16SrDNA全长序列,进而比对数据库确定菌种种类。本发明的建库方法适合所有类型样本的菌群结构检测,能够将传统的菌群结构鉴定从“属”级别提升到“种”级别,与属水平相比较,种水平的优势,可以更准确的确定环境微生物的生态结构,便于深入研究,由此可对样本进行特定细菌菌种的检测。
主权项:1.一种检测细菌16SrDNA全长的建库测序方法,其特征在于,包括以下步骤:(1)定量提取样本中菌群的总DNA;(2)以步骤(1)样本的DNA为模板,通过两端带有特异分子标签UMI的引物组PCR扩增16SrDNA全长,并为每一个原始扩增的16SrDNA全长加上特异的分子标签UMI,得到扩增产物:(2.1)采用带有UMI标签的第一组引物序列对所述样本的DNA进行第一轮PCR扩增,并进行第一次纯化,所述第一组引物序列如SEDIQNO:1-2所示;(2.2)采用第二组引物序列对第一次纯化产物进行第二轮PCR扩增,并进行第二次纯化,所述第二组引物序列如SEDIQNO:3-4所示;(3)将步骤(2.2)所得扩增产物用Tn5酶片段化,对片段化产物进行第一轮PCR扩增并纯化,扩增引物序列如SEDIQNO:5-7所示,对第一轮PCR扩增产物进行第二轮PCR扩增并纯化,扩增引物序列如SEDIQNO:8-9所示,由此构建拼接文库并标记为A-P;(4)将步骤(2.2)所得扩增产物环化连接,对连接产物进行第一轮PCR扩增,扩增引物如SEDIQNO:10-11所示,对第一轮PCR扩增产物进行第二轮PCR扩增并纯化,扩增引物如SEDIQNO:12-13所示,由此构建连接文库并标记为A-L;(5)将所述拼接文库A-P和所述连接文库A-L测序,得到拼接文库A-P和连接文库A-L的测序结果;(6)将步骤(5)的测序结果进行生物信息技术处理分析,通过识别UMI组合的方式,在拼接文库A-P和连接文库A-L中提取数据,并组装出16SrDNA全长序列,进而比对数据库确定菌种种类。
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