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申请/专利权人：清华大学深圳国际研究生院
摘要：本发明公开了一种新型rpoB基因SNP位点引起利福平抗性的精准检测方法及其应用。方法包含不同利福平抗性菌株收集、基因组DNA提取以及基因组DNA的Nanopore和Illumina测序；测序数据经质控后采用Unicycler软件对样品的测序数据进行混合组装，获得菌株的完整基因组数据；利用Prokka软件对获得的基因组进行注释，经DANMAN软件对注释结果中不同菌株的rpoB基因进行比对获得SNP位点信息。相比于现有技术，本发明采用Nanopore和Illumina测序技术，测序通量更高、读长更长、精确度更高，组装过程中可对数据进行自我校准，获得的基因组准确度更高，进而能够获得更加精准的SNP位点信息，有效避免了PCR扩增过程中错配率问题对检测结果的干扰，进而能够精准识别新型SNP位点引起的利福平抗性。
主权项：1.一种新型rpoB基因SNP位点引起利福平抗性的精准检测方法，其特征在于，包括以下步骤：1菌株的收集；2基因组DNA提取；3基因组测序；4基因组的组装与注释；5精准获得SNP位点信息。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 清华大学深圳国际研究生院 一种新型rpoB基因SNP位点引起利福平抗性的精准检测方法及其应用
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