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一种基于时空动态图学习的AD演化模式分析方法 

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申请/专利权人:浙江理工大学

摘要:本发明涉及疾病预测领域,特别涉及一种基于时空动态图学习的AD演化模式分析方法。该方法将n个细胞‑基因表达数据取细胞维度的平均值,获得样本‑基因表达数据;采用基因网络推理算法对不同疾病阶段的样本‑基因表达数据进行运算,获得不同疾病阶段的基因调控图;将不同疾病阶段的基因调控图放入动态图神经网络中,获得不同疾病阶段的基因节点特征;将不同疾病阶段的基因节点特征进行空间特征融合,融合成一个基因节点特征后,与n个细胞‑基因表达数据进行融合,并放入卷积神经网络中对阿兹海默症进行最终的疾病阶段预测。本发明为AD的演化动态分析提供了双视角建模框架,融合基因调控图谱和转录谱两个视角信息,提高了疾病表型预测的准确性。

主权项:1.一种基于时空动态图学习的AD演化模式分析方法,其特征在于:该方法包括以下步骤:步骤一.研究对象为n个阿兹海默症病人的单细胞测序数据,采用主成分分析方法统一n个阿兹海默症病人单细胞测序数据的细胞维度,最终获得c个细胞组成成分,并根据筛选最终获得g个基因,将处理后的数据记为Xn;将Xn细胞维度的平均值作为基因表达,获得一个以样本为行、基因为列的基因表达矩阵该矩阵根据样本标签分成多个矩阵其中t为样本类别数;采用基因网络推理方法得到每一个分类的基因调控图Gt;步骤二、使用步骤一所获得的不同样本类别的基因调控图Gt,构建动态图神经网络,该网络包括输入层、特征层和输出层,输入层与特征层相连,特征层与输出层相连;其中,输入层的输入为Gt,特征层为g个基因不同类别的特征H1,H2,…,Ht-1;步骤三、使用步骤二中动态图神经网络构建出的g个基因的特征H1,H2,…,Ht-1,对其使用注意力机制进行特征融合,获得最终的基因融合矩阵Zt-1;采用流形对齐策略,将Xn与Zt-1映射到同一空间中,获得两个矩阵分别为以样本为主的特征矩阵X′n和以基因融合矩阵为主的特征矩阵Z′n;步骤四、将X′n作为最终输入,使用疾病预测模型,进行阿兹海默症疾病预测。

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