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检测无细胞RNA中的交叉污染 

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申请/专利权人:格里尔公司

摘要:本公开涉及一种用于分析测序数据以检测测试样本中的交叉样本污染的改进方法。确定测试样本中的交叉污染能够为确定该测试样本将不太可能正确鉴定受试者中癌症的存在提供信息。使用选自以下的预定单核苷酸多态性进行鉴定:选定数据库中存在的等位基因或与样本类型相关联的基因分型SNP。使用一个或多个预定SNP的确定的污染概率来确定样本被污染。

主权项:1.一种用于鉴定样本中的污染的方法,其特征在于,所述方法包括:a获得从包含无细胞RNAcfRNA的样本中分离的多个核酸片段的多个测序读段;b鉴定包含一个或多个预定单核苷酸多态性SNP的测序读段,从而确定所述多个测序读段中每个预定SNP的观察到的等位基因频率,其中所述一个或多个预定SNP中的每个预定SNP选自:存在于一个或多个选定数据库中的等位基因;或与样本类型相关联的基因分型SNP;以及c使用所述一个或多个预定SNP的确定的污染概率来确定所述样本是否被污染。

全文数据:

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