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申请/专利权人:上海中科新生命生物科技有限公司
摘要:本发明提供一种基于质谱分析的肽谱存留时间预测方法及系统,包括:将谱图库中的肽段序列及肽段序列对应的保留时间转换为肽段序列,保留时间格式;将肽段序列按照氨基酸序列表进行转换得到肽段序列矩阵;构建双向循环神经网络模型:其中循环神经网络单细胞结构保存肽段序列矩阵及其对应的保留时间;遗忘门确认肽段序列矩阵是否保留;输入门根据遗忘门确认的结果更新肽段序列矩阵对应的保留时间;输出门输出更新后的肽段序列矩阵及对应的保留时间。通过对修饰成分进行编码,使得修饰成分对肽段序列存留时间的影响被考虑;同时通过双向循环神经网络模型,使得对肽段序列的存留时间的预测分析结果可靠。解决了如何准确预测肽谱的存留时间的问题。
主权项:1.一种基于质谱分析的肽谱存留时间预测方法,其特征在于,所述肽谱存留时间预测方法包括:制作输入数据:将谱图库中的肽段序列及肽段序列对应的保留时间转换为A,B格式,其中A为肽段序列,B为保留时间;构建20维度的氨基酸序列表:所述氨基酸序列表包含人体蛋白质所含的20种氨基酸,每一氨基酸对应一个20位氨基序列码,每一氨基酸所对应的20位氨基序列码中,仅有一位为1,其余19位为0,不同氨基酸所对应的氨基序列码不同;编码:将肽段序列按照氨基酸序列表进行转换,以得到肽段序列矩阵;构建双向循环神经网络模型:包括构建循环神经网络单细胞结构、遗忘门、输入门和输出门;所述循环神经网络单细胞结构用于保存肽段序列矩阵及其对应的保留时间;所述遗忘门用于确认所述循环神经网络单细胞结构中保存的肽段序列矩阵哪些需要去除、哪些需要保留;所述输入门用于根据所述遗忘门确认的结果更新所述循环神经网络单细胞结构中保存的肽段序列矩阵对应的保留时间;所述输出门用于输出所述循环神经网络单细胞结构中保存的更新后的肽段序列矩阵及对应的保留时间;其中更新后的保留时间即为肽段序列的预测存留时间;训练模型:利用肽段序列矩阵及其对应的保留时间训练所述双向循环神经网络模型,以提高肽段序列的预测存留时间的预测准确度。
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