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人子宫组织细胞组成分析模型及其建立方法和应用 

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申请/专利权人:浙江大学

摘要:本发明提供一种人子宫组织细胞组成分析模型及其建立方法和应用,利用单细胞分析技术,分析了人子宫细胞亚群的组成及每个亚群的基因表达谱特征,进一步根据各个细胞亚群的基因表达谱特征,利用反卷积法计算出子宫组织细胞组成的分析模型,并且将这一模型用于分析人子宫疾病特异细胞亚群特征,从而发现与疾病相关的潜在靶点细胞。

主权项:1.一种人子宫组织细胞组成分析模型的建立方法,其特征在于,包括下述步骤:步骤S1:收集不同周期的人子宫全层组织样本,将组织裂解成单细胞后进行单细胞捕获和单细胞测序,分析人子宫单细胞转录组数据获得人子宫单细胞的特征规律;步骤S2:对子宫单细胞测序数据进行数据标准化,选择表达量变异较大的基因,数据归一化,进而对数据进行主成分分析PCA,筛选具有显著意义的主成分所包含的基因,对单细胞数据进行非监督性聚类,将数据聚类成不同的亚群,寻找每个亚群的特异表达标志物,获得人子宫图谱;步骤S3:根据人子宫图谱每个亚群的特异表达标志物作为基因集,利用反卷积算法建立人子宫组织细胞组成分析模型;所述步骤S2中,获得的人子宫图谱包括上皮、基质、平滑肌、内皮、免疫细胞群及各自的特征亚群;上皮细胞包括5个特征亚群:PROLIFERATIVE_EPITHELIA,CILIATED_EPITHELIA,SECRETORY_EPITHELIA,ANTIGEN_PRESENTING_EPITHELIA,EMT_EPITHELIA;基质细胞包括5个特征亚群:PROLIFERATIVE_STROMA,SFRP4_STROMAINFLAMMATORY_STROMA,DCN_STROMA,SECRETORY_STROMA,INFLAMMATORY_STROMA;平滑肌细胞包括4个特征亚群:ADIRF_VASCULAR_MUSCLE,INFLAMMATORY_VASCULAR_MUSCLE,DES_VASCULAR_MUSCLE,SECRETORY_VASCULAR_MUSCLE;内皮细胞包括2个特征亚群:SECRETORY_ENDOTHELIA,INFLAMMATORY_ENDOTHELIA;免疫细胞包括2个特征亚群:NK,MACROPHAGE;人子宫图谱中每个特征亚群的特异表达标志物筛选标准为:与其他亚群比较,该亚群中该基因表达量logfoldchange0.5。

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