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申请/专利权人：华南农业大学

摘要：本发明公开了一组二套具包容性且精准鉴别、挖掘并克隆稻瘟病Pit及Pi54抗病基因家族等位基因的技术体系。该技术体系由2套自成体系的“功能性单倍型‑抗病等位基因”等两级检测标记组成，并各自逐级推进；供试品种是否携带目标基因由各套技术体系检测的综合结果而独立决定。该技术体系可用于稻瘟病Pit及Pi54抗病等位基因家族等位基因的鉴别、挖掘、克隆及利用，具有系统而严谨的包容性及可比较性。可广泛应用于提高禾本科作物包括但不限于水稻种质资源利用的目的性及效率，提高抗病育种工作的目的性及效率，以及提高抗病品种的多样性及合理布局，以延长其使用寿命。

主权项：1.一种具包容性且精准鉴别、挖掘并克隆稻瘟病Pit及Pi54抗病基因家族等位基因的方法，其特征在于，该方法由2套自成体系的“功能性单倍型-抗病等位基因”两级检测标记组成，并各自逐级推进；供试品种是否携带目标基因由各套检测标记检测的综合结果而独立决定；具体地，所述方法包含：1一套具有包容性且精准鉴别、挖掘并克隆稻瘟病Pit抗病基因家族等位基因的方法包含：a该基因家族之功能性单倍型非功能性单倍型的检测程序：通过家族内功能基因非功能基因的序列比较而界定单倍型分化清晰的基因组区域；设计2个最优的单倍型特异性分子标记并进行基于PCR技术的功能基因非功能基因参考品种的单倍型分析而确认其可靠性；只有同时被判断为功能性基因型的品种方为功能性单倍型品种；b该基因家族之功能性单倍型之抗病等位基因Pit-K59的检测程序：通过家族内功能基因的序列比较而界定目标基因特异性的SNP，并设计1个最优的功能特异性分子标记；进行基于PCR技术的功能性单倍型品种之目标基因的特异性基因型分析而确认其可靠性；Pit-K59基因携带者属于Pit抗病基因家族之功能性单倍型，而且该功能特异性分子标记之基因型与Pit-K59参考品种的基因型相同的品种；反之，任一检测标记不符合本方法的检测结果都不是目标基因Pit-K59；c该基因家族之功能性单倍型之抗病等位基因Pit-MH的检测程序：通过家族内功能基因的序列比较而界定目标基因特异性的SNP，并设计1个最优的特异性分子标记组合；进行基于PCR技术的功能性单倍型品种之目标基因的特异性基因型分析而确认其可靠性；Pit-MH基因携带者属于Pit抗病基因家族之功能性单倍型，而且该功能特异性分子标记之基因型与Pit-MH参考品种的基因型相同的品种；反之，任一检测标记不符合本方法的检测结果都不是目标基因Pit-MH；d该基因家族之功能性单倍型之抗病等位基因Pit-IR64的检测程序：通过家族内功能基因的序列比较而界定目标基因特异性的SNP，并设计1个最优的特异性分子标记；进行基于PCR技术的功能性单倍型品种之目标基因的特异性基因型分析而确认其可靠性；Pit-IR64基因携带者属于Pit抗病基因家族之功能性单倍型，而且该功能特异性分子标记之基因型与Pit-IR64参考品种的基因型相同的品种；反之，任一检测标记不符合本方法的检测结果都不是目标基因Pit-IR64；2一套具有包容性且精准鉴别、挖掘并克隆稻瘟病Pi54抗病基因家族等位基因的方法包含：e该基因家族之功能性单倍型非功能性单倍型的检测程序：通过家族内功能基因非功能基因的序列比较而界定单倍型分化清晰的基因组区域；设计2个最优的单倍型特异性分子标记并进行基于PCR技术的功能基因非功能基因参考品种的单倍型分析而确认其可靠性；只有同时被判断为功能性基因型的品种方为功能性单倍型品种；f该基因家族之功能性单倍型之抗病等位基因Pi54-SJ的检测程序：通过家族内功能基因的序列比较而界定目标基因特异性的SNP，并设计1个最优的功能特异性分子标记；进行基于PCR技术的功能性单倍型品种之目标基因的特异性基因型分析而确认其可靠性；Pi54-SJ基因携带者属于Pi54抗病基因家族之功能性单倍型，而且该功能特异性分子标记之基因型与Pi54-SJ参考品种的基因型相同的品种；反之，任一检测标记不符合本方法的检测结果都不是目标基因Pi54-SJ；具体地，上述方法中：a中单倍型特异性分子标记组合为Pit-FNC427G及Pit-FNG528C；其序列分别为SEQIDNO.1～2和SEQIDNO.3～4所示；其中，标记说明：FN，功能性functional非功能性non-functional；上标C427G意为位于目标基因#427位置的特异性SNP，如此类推；b中目标基因特异性分子标记为Pit-K59A2338G；其序列为SEQIDNO.5～6所示；c中目标基因特异性分子标记组合为上述Pit-MHT1924G；其序列为SEQIDNO.7～9所示；特别地，Pit-MHT1924G之PCR扩增由1条正向及2条反向引物组成；d中目标基因特异性分子标记组合为Pit-IR64T792C；其序列为SEQIDNO.10～11所示；e中目标基因特异性分子标记组合为Pi54-FNG340A及Pi54-FNC956T；其序列为SEQIDNO.12～13,SEQIDNO.14～15所示；f中目标基因特异性分子标记组合为Pi54-SJC245G；其序列为SEQIDNO.16～17所示。

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