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申请/专利权人：河南省肿瘤医院

摘要：本发明公开了一种基于nanoString平台CTSL2基因表达量的乳腺癌分子分型方法，具体涉及医疗技术领域，包括以下具体步骤：步骤一、采用QiagenFFPERNA提取试剂盒提取乳腺癌石蜡标本中的总RNA；步骤二、测定总RNA浓度；步骤三、mRNA探针与目标RNA序列进行杂交反应，将杂交反应产物封膜后放入nanoString数字式荧光条形码单分子分析仪中通过提前设定好的程序进行基因表达检测，再运用nSolver4.0软件对HER2、ESR1、PGR和Ki‑67基因的表达量进行定量分析，通过机器学习的方法对各标本进行luminal型、HER2+型和三阴型简称TN型分子分型，再通过CTSL2基因的阈值进一步把luminal型分成luminalA型简称LA型和luminalB型简称LB型以及把HER2+型分成luminalB‑HER2+型简称LB‑HER2型和HER2+型简称HER2型。

主权项：1.一种基于nanoString平台CTSL2基因表达量的乳腺癌分子分型方法，其特征在于：具体步骤如下：步骤一、采用QiagenFFPERNA提取试剂盒提取乳腺癌石蜡标本中的总RNA；步骤二、测定总RNA的浓度，通过OD260280和OD260230的比值评价总RNA的质量；步骤三、采用nanoString平台专用的探针与目标RNA序列即Genelist是来源参考进行杂交反应，杂交反应体系如下：S1、杂交液70μl+报告探针一管总体积42μl＝Master混合液；S2、每个PCR管中分别加入：8μlMaster混合液+5μlRNA150ng，不足部分用RNase-freeH2O补齐；S3、每管中继续加入捕获探针2μl，总体积15μl；S4、轻轻混匀后于65℃PCR仪中孵育16-24h；步骤四、把步骤三中的杂交反应产物加入nanoString专用的夹子中，封膜后放入nanoString数字式荧光条形码单分子分析仪中通过提前设定好的程序进行基因表达检测；步骤五、采用nSolver4.0软件对HER2、ESR1、PGR、Ki-67和CTSL2基因的表达量进行定量分析，通过机器学习法和设定的阈值对各标本进行分子分型；其中，步骤五中根据基因的表达量进行分子分型方法如下：S1、采用nSolver4.0软件对HER2、ESR1、PGR和Ki-67基因的表达量进行定量分析；S2、采用机器学习方法，比如随机森林或者决策树对具有临床明确分型结果样本的HER2、ESR1、PGR和Ki-67基因的表达量进行分型模型训练，基于模型对标本进行TN、ER+和HER2+亚型的预测；S3、对于预测出ER+和HER2+阳性的病人，进一步进行二级分类；其中ER+阳性的病人可进一步分为luminalA型和luminalB型，HER2+阳性的病人进一步分为HER2型和luminalB-HER2型。

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