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申请/专利权人：武汉大学
摘要：本发明提出了一种基于拓扑感知注意力网络的蛋白质功能预测方法及装置，其中的方法包括如下步骤S1：获取公开蛋白质功能注释数据集、公开的描述基因本体及关系obo文件；S2：构建蛋白质图输入和基因本体图输入；S3：搭建基于拓扑感知的蛋白质‑基因本体论注意力网络，其中包括拓扑感知的注意力模块和多头聚合器；S4：利用步骤S1中的数据对步骤S3中的拓扑感知的蛋白质‑基因本体注意力网络进行训练，得到训练好的蛋白质功能预测模型。S5：对待一个待预测功能的蛋白质，利用步骤S5中的训练好的模型生成其被每一个GO术语注释的概率。通过本发明的方法可以提升蛋白质功能预测的效果。
主权项：1.基于拓扑感知注意力网络的蛋白质功能预测方法，其特征在于，包括：S1：获取公开的蛋白质功能注释数据集、公开的描述基因本体及关系obo文件，其中公开的蛋白质功能注释数据集中的每条蛋白质序列都被多个GO术语进行注释；S2：根据公开的蛋白质功能注释数据集构建蛋白质图输入，根据公开的描述基因本体及关系obo文件构建基本体图输入；S3：搭建基于拓扑感知的蛋白质-基因本体论注意力网络，网络包括拓扑感知的注意力模块和多头聚合器，其中，拓扑感知的注意力模块用于从输入数据中提取拓扑感知的残基级别的嵌入和GO术语级别的嵌入，并将二者投影到联合语义空间，再利用注意力分数建模二者之间的拓扑语义相似度；多头聚合器用于对拓扑感知的注意力模块计算得到的相似度进行聚合，并计算蛋白质被GO术语注释的概率；S4：将所述蛋白质图输入和基本图输入作为训练数据输入基于拓扑感知的蛋白质-基因本体论注意力网络进行训练，得到训练好的蛋白质功能预测模型；S5：对于一个待预测功能的蛋白质，利用所述训练好的模型生成其被每一个GO术语注释的概率。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 武汉大学 基于拓扑感知注意力网络的蛋白质功能预测方法及装置
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