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申请/专利权人：深圳市大道测序生物科技有限公司
摘要：本申请属于分枝杆菌技术领域，具体涉及一种基于二代测序鉴定非结核分枝杆菌的分型方法、装置计算机设备、存储介质和计算机程序产品。本申请为了避免测序错误及环境中的未知因素等影响，借助NTM库，对测序数据序列比对，覆盖扩增子数占比较高的菌株作为候选菌株，针对候选菌株的特异性位点检出情况，即分型时既利用序列信息又利用菌株特异位点分型信息，在准确性方面优于常规的特异性序列鉴定分型的策略。
主权项：1.一种基于二代测序鉴定非结核分枝杆菌的分型方法，其特征在于，包括：S1、将有效reads与非结核分枝杆菌数据库进行序列比对，通过预设阈值筛选扩增子产物reads；所述非结核分枝杆菌数据库中含有菌株分类信息和基因组序列信息；S2、从所述扩增子产物reads中筛选出实际包含在扩增子Panel中的reads，获取真实扩增子产物的reads；S3、根据所述真实扩增子产物的reads进行注释，计算待测样本注释菌株覆盖的扩增子数；S4、对所述检出菌株覆盖的扩增子数进行排序，若满足排序第一菌株的扩增子数和排序第二菌株的扩增子数相差2个，且排序第一的菌株覆盖扩增子数≥8，则排序第一菌株为分型结果；否则，按照扩增子数已排序的菌株进行筛选，直至相邻菌株间相差2个扩增子为止，计算已筛选的菌株特异点突变频率，按照突变深度10，突变频率0.3进行过滤，突变频率最高的菌株即为分型结果。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 深圳市大道测序生物科技有限公司 基于二代测序鉴定非结核分枝杆菌的分型方法、装置
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