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配体连通网图的创建方法及装置 

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申请/专利权人:苏州腾迈医药科技有限公司

摘要:本公开涉及一种配体连通网图的创建方法及装置。该方法包括:获取用于与受体结合的各配体的3D结构;根据多个配体确定出多个分子对,并根据对应的配体的3D结构计算出不同分子对的涨落值;根据不同分子对的涨落值和预设连通数量,确定出多个分子对中的目标分子对,每个配体所在的目标分子对的数量至少与预设连通数量相同;根据多个配体和目标分子对生成连通网图,连通网图包括多个节点和多个边,每个节点对应一配体,各边对应一目标分子对、且连接在该目标分子对中两个配体所对应的节点之间。确定出目标分子对的精度高、速度快、误差小,使得后续基于目标分子对所进行结合自由能计算的准确性、计算速度均能够显著提升。

主权项:1.一种配体连通网图的创建方法,其特征在于,所述方法包括:获取用于与受体结合的各配体的3D结构;根据多个配体确定出多个分子对,并根据对应的配体的3D结构计算出不同分子对的涨落值;根据不同分子对的涨落值和预设连通数量,确定出多个分子对中的目标分子对,每个配体所在的目标分子对的数量至少与所述预设连通数量相同;根据所述多个配体和所述目标分子对,生成连通网图,所述连通网图包括多个节点和多个边,每个节点用于表示对应的一个配体,各所述边对应于一个目标分子对、连接在该目标分子对中两个配体所对应的节点之间;其中,根据多个配体确定出多个分子对,并根据对应的配体的3D结构计算出不同分子对的涨落值,包括:将多个配体中的每一个配体与剩余其他各配体作为一个分子对,得到多个分子对;确定出各所述分子对中对应的氢原子的第一数量和对应的重原子的第二数量,所述重原子表示原子序数大于氢原子的原子;根据各所述分子对的第一数量创建出第一矩阵,以及根据各所述分子对的第二数量创建出第二矩阵,所述第一矩阵中各位置分别表示对应的分子对的第一涨落值,所述第二矩阵中各位置分别表示对应的分子对的第二涨落值;根据所述第一矩阵和所述第二矩阵,创建出波动矩阵,所述波动矩阵中各位置的第三涨落值是根据第一矩阵对应位置的第一涨落值和第二矩阵中对应位置的第二涨落值确定的;其中,分子对的涨落值包括所述第一涨落值、第二涨落值和第三涨落值,分子对的第一涨落值是根据该分子对对应的第一数量确定的,分子对的第二涨落值是根据该分子对中对应的第二数量确定的;其中,所述第一矩阵中各位置的第一涨落值通过以下公式计算: 所述第二矩阵中各位置的第二涨落值通过以下公式计算: 所述波动矩阵中各位置的第三涨落值通过以下公式计算各位置的值: 其中,表示在第一矩阵中第i行第j列对应的分子对的第一涨落值,表示在第二矩阵中第i行第j列对应的分子对的第二涨落值,表示在波动矩阵中第i行第j列对应的分子对的第三涨落值,hij表示对应的分子对中从配体i向配体j映射得到的氢原子的第一数量,hji表示对应的分子对中从配体j向配体i映射得到的氢原子的第一数量;Hij表示对应的分子对中从配体i向配体j映射得到的重原子的第二数量,Hji表示对应的分子对中从配体j向配体i映射得到的重原子的第二数量;ζ1、ζ2、w0、w1和w2为系数;其中,根据不同分子对的涨落值和预设连通数量,确定出多个分子对中的目标分子对,包括:基于预设算法和所述预设连通数量对所述波动矩阵进行优化,得到优化后矩阵;根据所述优化后矩阵,确定出目标分子对;其中,所述优化后矩阵中部分位置的第三涨落值为零、剩余位置的第三涨落值不为零,所述目标分子对是基于第三涨落值不为零的位置所对应的分子对确定的。

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