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申请/专利权人：浙江大学医学院附属邵逸夫医院

摘要：本发明公开了一种识别肝细胞肝癌新亚型的基因模型构建方法及应用。本发明比较多个经病理学鉴定为肝细胞肝癌的患者样本的转录组数据，经聚类后选择与ICC最接近的亚型命名为HCC_1亚型，与其余亚型相比，该亚型具有自身特异的表达模式，且与ICC样本相似性非常高。可判断这是一种更加恶性的亚型，因而根据本发明的基因模型能够对肝细胞肝癌患者的预后进行评估，并指导临床医生对患该HCC亚型的患者提供更积极的治疗方案；本发明的基因模型输出的评分越高，属于该亚型肝细胞肝癌的概率越大，则预后越差。在免疫检查点抑制剂治疗中，该亚型患者显示出显著更高的响应率，也能预测药物反应性指导治疗。

主权项：1.一种识别肝细胞肝癌新亚型的基因模型构建方法，其特征在于，包括如下步骤：对收集的肝细胞肝癌患者的肿瘤及邻近非肿瘤组织样本进行全转录组测序，获取转录组数据；基于获取的转录组数据计算每个患者样本的基因表达水平；对所有患者样本的基因表达水平进行聚类，将肝细胞肝癌划分为若干个亚型；将划分获得的若干个亚型分别映射到TCGALIHC样本中，选择其中不能完全映射到TCGALIHC样本中的亚型命名为HCC_1亚型；获取HCC_1亚型对其他亚型样本的差异基因，并基于差异基因构建识别肝细胞肝癌新亚型的基因模型；采用LASSO回归分析基于差异基因构建识别肝细胞肝癌新亚型的基因模型，所述基因模型具体为：HCC_1型肝细胞肝癌评分=（0.603×MMP1表达水平）+（0.028×GCNT3表达水平）+（0.039×CBX2表达水平）+（0.095×CSF3R表达水平）+（0.255×TYRO3表达水平）+（0.076×FZD7表达水平）+（0.437×GAL3ST4表达水平）+（0.042×FBXO41表达水平）+（0.065×LRP12表达水平）+（0.042×MTHFD2表达水平）+（0.055×CD38表达水平）+（0.203×CRACR2B表达水平）+（0.078×NEIL3表达水平）+（0.039×ELAPOR2表达水平）+（0.035×LPAR2表达水平）+（0.091×SLC25A36表达水平）+（0.121×TRIP13表达水平）+（0.044×DZIP1L表达水平）+（0.147×NXPE3表达水平）+（0.2×TAS1R3表达水平）+（0.164×MX2表达水平）+（0.149×ARHGAP39表达水平）+（0.184×PGM2L1表达水平）+（0.339×ARMC9表达水平）+（0.039×LDLRAD3表达水平）+（0.504×CENPE表达水平）+（0.252×FANCE表达水平）+（0.08×KIF18A表达水平）+（0.305×ARMCX1表达水平）-9.1623。

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