申请/专利权人：ILLUMINA公司

申请日：2020-06-02

公开（公告）日：2024-07-05

公开（公告）号：CN112823391B

主分类号：G16B20/10

分类号：G16B20/10;G16B30/10;G16B40/20;G16B40/30;G16B30/00

优先权：["20190603 US 62/856,651"]

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.07.05#授权;2021.06.04#实质审查的生效;2021.05.18#公开

摘要：本发明提供了用于在CNV检测中使用包含源自母体和胎儿的游离核酸片段的试验样品进行样品质量控制的方法和系统。该方法包括确定由至少胎儿分数检测限LOD曲线限定的排除区域。该胎儿分数LOD曲线随覆盖度值而变化，并且指示在给定不同覆盖度的情况下实现检测标准所需的胎儿分数的最小值。

主权项：1.一种用于处理包含源自母体和胎儿的游离核酸片段的试验样品的方法，所述方法是使用包括存储器和一个或多个处理器的计算机系统来实现的，所述方法包括：a确定所述试验样品的胎儿分数的观察值，其中所述试验样品的所述胎儿分数指示所述试验样品中胎源游离核酸片段的相对量；b由所述计算机系统接收通过对所述试验样品中的所述游离核酸片段进行测序而获得的序列读段；c由所述计算机系统将所述游离核酸片段的所述序列读段与包含关注序列的参考基因组进行比对，从而提供序列标签；d由所述计算机系统确定所述参考基因组的至少一部分的所述序列标签的覆盖度；e基于在d中确定的所述序列标签覆盖度和在a中确定的所述胎儿分数的观察值来确定所述试验样品在排除区域内，其中所述排除区域由至少胎儿分数检测限LOD曲线限定，其中所述胎儿分数LOD曲线随覆盖度值而变化，并且指示在不同覆盖度值的给定覆盖度值的情况下用于实现给定置信水平的胎儿分数的最小观察值，所述给定置信水平为对应的真实胎儿分数大于实现检测标准所需的胎儿分数的最小值；以及f作为确定所述试验样品在排除区域内的响应，排除所述试验样品用于对所述关注序列的拷贝数变异CNV作出判定，或对所述试验样品进行重新测序以获得用于对所述关注序列的CNV进行判定的重新测序的序列读段，其中所述LOD曲线通过以下获得：i针对多个观察胎儿分数中的每个观察胎儿分数和针对多个覆盖度水平中的每个覆盖度水平，从第一多个训练样品中选择一个或多个选定的训练样品，所述训练样品的真实胎儿分数具有给定置信水平，其中每个训练样品包括源自母体和胎儿的游离核酸片段；ii使用一个或多个选定的训练样品，获得多个覆盖度水平的真实胎儿分数与观察胎儿分数曲线；iii使用第二多个训练样品获得真实胎儿分数，所述真实胎儿分数针对多个覆盖度水平至少具有实现检测标准所需的胎儿分数的最小值；iv使用真实胎儿分数与观察胎儿分数曲线和至少具有实现检测标准所需的胎儿分数的最小值的真实胎儿分数，获得针对具有给定置信度水平所需的多个覆盖度水平的多个最小观察胎儿分数，所述给定置信水平为真实胎儿分数至少具有实现检测标准所需的胎儿分数的最小值；以及v使用针对多个覆盖度水平的多个最小观察胎儿分数，获得胎儿分数LOD曲线。

全文数据：

权利要求：

百度查询： ILLUMINA公司 基于检测限的质量控制度量

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