申请/专利权人：中国科学院动物研究所

申请日：2024-04-03

公开（公告）日：2024-07-05

公开（公告）号：CN118298924A

主分类号：G16B40/00

分类号：G16B40/00;C12Q1/70;C12Q1/6806;C40B50/06;C12Q1/6869;G16B20/30;G16B50/10;G16B30/10;G16B30/20;C12R1/93

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.07.23#实质审查的生效;2024.07.05#公开

摘要：本发明公开了一种基于Small‑RNA高通量测序检测媒介中病毒以及病毒复制的方法。本发明属于病毒检测技术领域，本发明开发的Small‑RNA测序鉴定待测样本中病毒种类的方法包括以下步骤：1从感染病毒的待测样本中提取总RNA，构建cDNA文库，将smallRNA序列片段从中分离；2从GenBank下载病毒序列和分类数据库，将smallRNA序列片段与病毒序列文件进行比对；3将contigs3文件与病毒核酸数据库进行比对，选出contigs3文件中比对结果e值最小的序列，计算contigs3序列在对应病毒基因组的覆盖率；区分覆盖阈值的病毒信息；以此推测smallRNA序列的病毒来源。

主权项：1.Small-RNA测序鉴定待测样本中病毒种类的方法，包括以下步骤：1从感染病毒的样品中提取总RNA，构建cDNA文库，将smallRNA序列片段从中分离出来；将读数reads中N含量超过该read碱基数的10％或者含有低质量Q＝20碱基数超过该条read碱基数的50％时，去除此reads，去除没有3’接头序列的reads；过滤掉3’接头序列，最后仅保留＝18nt且＝35nt的序列；2从GenBank下载病毒序列和分类数据https:ftp.ncbi.nlm.nih.govgenbank，根据病毒分类获得病毒序列文件并构建病毒参考数据库；通过运行bwa软件将步骤1所述smallRNA序列片段与所述病毒序列文件进行比对：a.若所述比对成功匹配sRNA读数，则被认为是潜在的病毒衍生序列，将所述潜在的病毒衍生序列参考病毒基因组序列文件组装成连续的长序列片段contigs1文件；b.若所述比对未比对成功，去除媒介物种基因组信息后，使用软件Velvet将序列从头组装，得到不参考病毒基因组序列文件，组装成contigs2文件；c.将a步骤所述contigs1和b步骤所述contigs2文件合并，获得contigs3文件；3使用blastn软件将步骤2所述contigs3文件与步骤2构建的病毒参考数据库进行比对，选出contigs3文件中每条序列比对结果中e值最小的结果，并计算所述contigs3文件中每条序列在对应病毒基因组上的覆盖率；区分符合或不符合覆盖阈值的病毒信息；以此推测所述smallRNA序列的病毒来源。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 中国科学院动物研究所 一种基于Small-RNA高通量测序检测媒介中病毒以及病毒复制的方法

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