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高覆盖率STLFR 

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申请/专利权人:深圳华大智造科技股份有限公司;深圳华大生命科学研究院

摘要:本文描述的是高覆盖率单管长片段读取stLFR技术,其使用并对在共条形码化之前已被扩增的靶DNA片段执行stLFR,这为测序提供了更高的DNA量并增加了测序覆盖率。在一些实施方案中,本申请中描述的高覆盖率stLFR使用两轮stLFR。在一些实施方案中,用转位子使靶DNA片段转位,该转位子具有可用于对序列读段排序的特定位置条形码。

主权项:1.一种用于制备用于确定靶核酸的序列的条形码化多核苷酸文库的方法,所述方法包括:a提供源自所述靶核酸的片段,其中所述片段是双链或部分双链的;b将交错的单链断裂引入至少一些双链片段中,由此产生多个第一复合物,其中每个第一复合物包含多个第一亚片段,以及c将第一捕获寡核苷酸序列与所述第一亚片段中的至少一些进行关联,其中每个第一捕获寡核苷酸序列包含第一条形码,并且任选地包含启动子序列或引物结合序列,以及其中所述关联包括将a中的所述双链片段或b中的所述复合物与多个个体第一珠组合,其中每个个体第一珠包含固定在其上的多个第一捕获寡核苷酸,其中每个捕获寡核苷酸包含第一捕获寡核苷酸序列,其中固定在每个个体第一珠上的所述第一捕获寡核苷酸包含相同的第一捕获寡核苷酸序列,其中大多数不同的第一珠具有固定在其上的不同的第一捕获寡核苷酸,并且其中每个不同的第一捕获寡核苷酸序列包含不同的第一条形码,由此提供条形码化第一亚片段;d扩增条形码化第一亚片段的至少一部分以产生扩增的条形码化第一亚片段,其中所述扩增的条形码化第一亚片段是双链或部分双链的;e将交错的单链断裂引入所述扩增的条形码化第一亚片段中的一些中以生成第二复合物,所述第二复合物各自包含多个第二亚片段;以及f将第二捕获寡核苷酸序列与所述第二亚片段中的至少一些进行关联;其中所述关联包括将d中所述扩增的条形码化第一亚片段或e中的所述第二复合物与多个个体第二珠组合,其中每个个体第二珠包含固定在其上的多个第二捕获寡核苷酸,其中每个第二捕获寡核苷酸包含第二捕获寡核苷酸序列,其中固定在每个个体第二珠上的所述第二捕获寡核苷酸包含相同的第二捕获寡核苷酸序列,其中大多数不同的第二珠具有固定在其上的不同的第二捕获寡核苷酸,并且其中每个不同的第二捕获寡核苷酸序列包含不同的第二条形码,由此提供条形码化第二亚片段文库。

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权利要求:

百度查询: 深圳华大智造科技股份有限公司 深圳华大生命科学研究院 高覆盖率STLFR

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