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摘要：本发明涉及一种基于匹配质谱谱图中连有部分糖链修饰的完整肽段离子Y离子的出现模式进行O‑GalNAc完整糖基化修饰肽段的质谱数据鉴定方法，用于高效且可信地从高效液相色谱‑多级串联质谱数据中鉴定O‑GalNAc完整糖基化修饰肽段的谱图信息。该方法通过枚举O‑GalNAc糖基化修饰的肽段上可能出现的Y离子，并将这些离子以三个一组的形式组合成Y离子的出现模式，在质谱谱图中匹配这些出现模式以减少检索的候选糖基化修饰的搜索空间。与目前常见的O‑完整糖基化修饰肽段的鉴定软件相比，本发明的优点是可以得到高灵敏度，高可信度的O‑GalNAc完整糖基化修饰肽段的鉴定结果，适合于大通量分析和大规模鉴定。

主权项：1.一种蛋白酶解液中O-GalNAc糖基化修饰肽段的质谱鉴定方法，其特征在于：1获取蛋白酶解液的一级和二级质谱谱图；本方法鉴定的谱图为二级谱图；2首先通过列举O-GalNAc糖基化修饰肽段以下简称“O糖肽”在质谱谱图中所有可能出现的连有部分糖基化修饰的完整肽段离子以下简称“Y离子”的出现模式，肽段离子包括由0至n个的糖基化单元的Y0、Y1到Yn离子；n为大于等到于2的整数，0、1或n分别代表肽段离子中糖基化单元个数；“Yn”离子指连有n个糖基化单元的肽段离子，n指离子中肽段上带有糖基化单元的个数；n为大于等于2的整数，特别地，Y0离子指O-糖肽的完整肽段骨架离子肽段离子，理论上Y0有可能会在所有糖肽谱图中出现；Yn离子理论上只会在连有包含n个糖基化单元的糖基化修饰的糖肽谱图中出现；根据O-GalNAc糖基化修饰的结构，O-GalNAc糖基化是通过一个HexNAcN-乙酰己糖胺连在肽段上的，因此O-GalNAc糖基化肽段谱图中出现的Y1离子只可能是“肽段离子+HexNAc1”这种形式，对于所有O-GalNAc糖基化修饰的肽段，其谱图中都有可能出现这种离子；而对于Yn离子，其结构只可能分别是“肽段离子+HexNAc1+n-1糖基化单元”；“Y离子”的出现模式只考虑Y0离子及其它任意二个不同X值的YX离子，X为1至n的整数；3对于O-糖基化修饰的糖肽的二级谱图中可能出现的Y1离子为连有HexNAc1的肽段离子，Y1离子质量为“肽段离子质量Y0质量+HexNAc1的质量”；YX离子质量为“肽段离子质量Y0质量+包括HexNAc1在内的X个糖基化单元的质量”；将这些出现模式中二个不同X值的YX离子与Y0离子的质量差两个质量差与二级谱图中的所有任意三个谱峰中的两个较大质量谱峰减去最小一个质量谱峰的质量差进行匹配；将这两个质量差出现模式中二个不同X值的YX离子与Y0离子的质量差与二级谱图中的所有谱峰之间的质量差以任意三个谱峰为一组，任意三个谱峰中的两个较大质量谱峰减去最小一个质量谱峰的质量差进行匹配，如果出现所选一组中的三个峰的两两之间质量差两个较大质量谱峰减去最小一个质量谱峰的质量差等于出现模式中离子两两之间的质量差二个不同X值的YX离子与Y0离子的质量差，则认为这组的三个峰和出现模式匹配；匹配到出现模式后，取匹配到出现模式的这组三个峰中质量最小的一个p1峰，并通过计算该离子峰和二级谱图的母离子的质量已知，二级谱图中现有的信息的质量差进行候选糖基化修饰的选择，如果母离子质量与p1峰的质量差值等于糖基化修饰的质量，则将修饰作为待检索的糖基化修饰而不使用设定的糖基化修饰数据库中所有的糖基化修饰；使用修饰的质量与酶解液中蛋白样品对应物种的蛋白质组数据库的蛋白序列信息进行理论谱图的生成由蛋白序列信息计算得到肽段骨架碎片离子的质荷比信息和强度信息，质荷比信息和强度信息构成了理论二级谱图中的谱峰，由肽段质量和修饰质量之和得到母离子质量，得到带有母离子质量信息的理论二级谱图，用于后续的数据库检索；数据库检索中，将理论谱图和实验二级谱图中的谱峰的质荷比和强度信息进行匹配，得到与实验谱图匹配RankScore分数最高的理论谱图作为与该张实验二级谱图匹配的理论谱图匹配结果，基于此可从二级质谱数据中得到O-GalNAc完整糖基化修饰肽段的信息肽段序列及糖基化修饰鉴定信息。

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百度查询： 中国科学院大连化学物理研究所 一种蛋白酶解液中O-GalNAc糖基化修饰肽段的质谱鉴定方法