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申请/专利权人：苏州吉因加生物医学工程有限公司;北京吉因加医学检验实验室有限公司;深圳吉因加医学检验实验室

摘要：本公开提供一种受试者的血浆ctDNA水平的定量方法及装置，该方法包括：检测肿瘤组织的体细胞突变和肿瘤细胞的等位基因的拷贝数、获得肿瘤细胞含量、获得每个体细胞突变的CCF，以及获得体细胞突变的基因型。其中等位基因特异的拷贝数包括主等位基因拷贝数和次等位基因拷贝数。本发明提供的ctDNA水平定量方法可以用于检测微小残留病灶MinimalResidualDisease，MRD。

主权项：1.一种非诊断目的的受试者的血浆ctDNA水平的定量方法，所述方法包括：1检测受试者的肿瘤组织中的一种或多种体细胞突变，获得包含所述体细胞突变的读段数包含所述体细胞突变的位置的总读段数测序错误水平e，以及体细胞突变的检出频率；2检测所述肿瘤组织中肿瘤细胞的等位基因特异的拷贝数ASCN；3获得所述肿瘤组织中的肿瘤细胞含量t；4根据所述体细胞突变的检出频率、所述ASCN，和所述肿瘤组织中的肿瘤细胞含量，对所述体细胞突变进行克隆簇分析，获得携带所述体细胞突变的肿瘤细胞占所述肿瘤组织中肿瘤细胞的比例f；5根据所述肿瘤组织中的肿瘤细胞含量、所述体细胞突变的检出频率、所述ASCN和所述f，对所述体细胞突变进行基因型分析，得到未携带所述体细胞突变的肿瘤细胞的总拷贝数CNt0，和携带所述体细胞突变的肿瘤细胞中携带所述体细胞突变的拷贝数x；6检测所述一种或多种体细胞突变在血浆中的检出频率，根据所述一种或多种体细胞突变在血浆中的检出频率、所述ASCN、所述f、所述CNt0，和所述x，获得血浆中的ctDNA含量；步骤1中，步骤2中，所述等位基因特异的拷贝数包括主等位基因拷贝数和次等位基因型拷贝数其中，所述主等位基因为等位基因中拷贝数高的等位基因，所述次等位基因型为等位基因中拷贝数低的等位基因；步骤3中，获得所述肿瘤组织中的肿瘤细胞含量的步骤还包括：根据所述体细胞突变的检出频率和所述ASCN，获得所述肿瘤组织中的肿瘤细胞含量；步骤5还包括：根据所述CNmajor、CNminor、t、f、e、CNt0和x，得到体细胞突变的理论检出频率aftheroy 其中，CNtotal＝CNmajor+CNminor，CNn为正常细胞中的拷贝数，CNn＝2；步骤5还包括：突变实际检出条支持突变的读段的概率为p，p满足二项分布： 根据CNminor，CNmajor，t及f推测发生突变位置的基因型，遍历所有CNt0和x取值，取最大p值对应的CNt0和x值，即为突变的基因型相关信息；步骤6还包括：a提取血浆中的cfDNA；b对所提取的cfDNA进行测序，检测所述一种或多种体细胞突变，得到血浆样本检出的包含所述体细胞突变的读段数、血浆样本检出的包含所述体细胞突变的位置的总读段数；c设血浆样本中的ctDNA含量为tp；d根据tp、fi、ei、和xi得到突变i的理论突变频率 e在突变i位置检测条读段时，血浆实际检测到的支持突变i的读段数满足二项分布： 血浆中实际测到条支持突变i的读段的概率pi为： 根据血浆中N个监测突变检出情况，构建ctDNA含量tp的最大似然函数Ltp： f遍历所有可能的所述血浆ctDNA含量取值，当所述最大似然函数最大时，对应的所述血浆ctDNA含量取值即为血浆ctDNA含量。

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