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申请/专利权人：中国水产科学研究院长江水产研究所;中国水产科学研究院

摘要：本申请涉及长丰鲢技术领域，具体涉及长丰鲢渗入基因的鉴定方法及其应用。该鉴定方法包括根据长丰鲢基因组序列和野生鲢基因组序列构建HiFi文库、测序，并进行染色体组装，得到伪染色体；对所述伪染色体进行基因注释，得到长丰鲢mRNA序列；将所述长丰鲢mRNA序列比对至所述野生鲢基因组序列和鲤基因组序列，得到候选的长丰鲢渗入基因；提取所述候选的长丰鲢渗入基因的蛋白序列，比对，得到所述长丰鲢渗入基因的候选渗入基因DNA序列。该鉴定方法具有快速高效、精准的优点。该鉴定方法的鉴定过程简洁，实验步骤的介入程度低，成本低。

主权项：1.一种长丰鲢渗入基因的鉴定方法，包括以下步骤：S1、根据长丰鲢基因组序列和野生鲢基因组序列构建HiFi文库，所述长丰鲢基因组序列为SRP377527，所述野生鲢基因组序列为SRR19443026；S2、对所述HiFi文库进行测序，并组装得到伪染色体；S3、对所述伪染色体进行基因注释，得到长丰鲢mRNA序列；S4、将所述长丰鲢mRNA序列分别比对至所述野生鲢基因组序列和鲤基因组序列，得到候选的长丰鲢渗入基因，所述鲤基因组序列为GCF_018340385.1；以及S5、提取所述候选的长丰鲢渗入基因的蛋白序列，分别与野生鲢基因组的蛋白序列和鲤基因组的蛋白序列比对，得到所述长丰鲢渗入基因的候选渗入基因DNA序列，从所述候选渗入基因DNA序列提取候选位点，所述候选位点为与所述野生鲢基因组的蛋白序列一致性和覆盖度都小于与鲤蛋白序列一致性和覆盖度的基因的序列区域；S6、根据所述候选渗入基因DNA序列设计引物，并进行PCR扩增和电泳检测，根据所述电泳条带鉴定所述渗入基因；其中，所述S1步骤中的伪染色体组装包括以下步骤：S11、用wdtbg2初步组装所述长丰鲢基因组序列和所述野生鲢基因组序列，获得的Contig用racon纠错；S12、用HiCup将Hi-Creads比对至Contig后，用Lacheis挂载contig序列，得到伪染色体；其中，所述S3包括以下步骤：S31、将已被蛋白注释的硬骨鱼基因序列比对至所述伪染色体上，并分别预测长丰鲢和野生鲢基因组上的基因；S32、用HISAT2分别将长丰鲢和野生鲢的高质量RNA-seq数据比对到对应的基因组上，用cufflinks进行基因结构注释；其中，所述S4包括以下步骤：用GMAP将所述长丰鲢mRNA序列比对到所述野生鲢基因组上，未比对上的mRNA再次比对到所述鲤基因组上，根据比对覆盖度判断所述长丰鲢mRNA是否作为候选的长丰鲢特异基因，若所述比对覆盖度不低于70%时所述长丰鲢mRNA作为候选的长丰鲢特异基因。

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