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申请/专利权人：南京理工大学

摘要：本发明公开了一种筛选β‑CD或其衍生物主客体体系代表性构象的改进MDQMCSM方法。所述方法包括（1）采用两种方法对主客体复合物构建初始构象，确保对复杂构象空间采样充分；（2）使用初始构象进行分子动力学模拟和聚类分析，筛选出优势构象；（3）使用QMCSM方法计算获得优势构象的溶液中复合自由能，选取最稳定的优势构象的计算值与实验值进行对比分析，确定代表性构象。本发明能准确的筛选β‑CD或其衍生物主客体体系的代表性构象，计算得到的复合自由能与实验值之间有较高的线性相关性，热力学稳定性排序与实验一致，为β‑CD或其衍生物的主客体体系复合自由能计算提供了较为准确的结构模型。

主权项：1.筛选β-CD或其衍生物主客体体系代表性构象的改进MDQMCSM方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1，对主体分子β-CD或其衍生物采用q4md-CD力场，得到主体分子的拓扑结构和在HF6-31G*水平上计算得到的RESP电荷；步骤2，对客体分子青蒿琥酯或氯唑沙宗采用GAFF力场，得到客体分子的拓扑结构和在HF6-31G*水平上计算得到的RESP电荷；步骤3，对步骤1中经过电荷和拓扑计算后的主体分子与步骤2中经过电荷和拓扑计算后的客体分子，采用Materialstudio程序和Autodock4.2程序构建主客体复合物的初始构象；步骤4，将主客体复合物的初始构象使用Amber12软件进行MD模拟，得到大量构象，通过聚类分析和无约束结构优化，选取复合物优势构象，同时为了保证主体分子和客体分子的构象质量，对步骤1中的主体分子和步骤2中的客体分子分别进行MD模拟，进行聚类分析和结构优化，分别选取主体分子和客体分子优势构象；步骤5，对主、客体分子以及复合物优势构象在Gaussian程序中采用QMCSM方法计算溶液中复合自由能，将计算得到的溶液中复合自由能与实验值进行对照，并进行线性相关性分析，如果该主客体体系的热力学稳定性排序与实验结果一致，且计算得到的溶液中复合自由能与实验值有良好的线性相关性，则表示筛选的优势构象为主客体复合物的代表性构象；如果该主客体体系的热力学稳定性排序与实验结果不一致，或者计算得到的溶液中复合自由能与实验值没有良好的线性相关性，则返回进行步骤3；同时，在QMCSM计算中对主、客体分子及主客体复合物的无迹四极矩进行计算，以衡量复合前后体系极性变化的程度，β-CD主客体体系在形成复合物后无迹四极矩会降低，如果计算所得的无迹四极矩数值为正，表明结构不合理，返回进行步骤3。

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