申请/专利权人：麦克罗比奥私人有限公司

申请日：2018-05-17

公开（公告）日：2024-07-05

公开（公告）号：CN110914458B

主分类号：C12Q1/689

分类号：C12Q1/689;C12Q1/6895;C12Q1/04

优先权：["20170517 AU 2017901846"]

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.07.05#授权;2020.05.01#实质审查的生效;2020.03.24#公开

摘要：本发明总体上涉及用于鉴定和或分类微生物特别是细菌、酵母生物和丝状真菌的方法和试剂。特别地，本发明涉及在细菌16S核糖体RNA16SrRNA和酵母生物和丝状真菌18S核糖体RNA中发现独特的单核苷酸多态性SNP，以及基于那些SNP中的一者或多者的存在，分类和或鉴定样品中的细菌、酵母生物和或丝状真菌的方法。本发明还涉及在那些方法中有用的探针、引物和试剂盒。

主权项：1.用于分析来自样品的至少一部分细菌16SrRNA基因或基因产物中存在或不存在七个单核苷酸多态性（SNPs）的试剂在制备用于使用高分辨率溶解曲线分析进行鉴定或区分所述样品中的至少一种与败血症相关的细菌的方法的诊断剂中的用途，其中所述至少一种细菌选自由以下组成的组：乙酸钙不动杆菌（Acinetobactercalcoaceticus）；产气肠杆菌（Enterobacteraerogenes）；阴沟肠杆菌（Enterobactercloacae）；粪肠球菌（Enterococcusfaecalis）；屎肠球菌（Enterococcusfaecium）；大肠杆菌（Escherichiacoli）；肺炎克雷伯菌（Klebsiellapneumoniae）；奇异变形杆菌（Proteusmirabilis）；铜绿假单胞菌（Pseudomonasaeruginosa）；粘质沙雷氏菌（Serratiamarcescens）；金黄色葡萄球菌（Staphylococcusaureus）；无乳链球菌（Streptococcusagalactiae）；肺炎链球菌（Streptococcuspneumoniae）；化脓性链球菌（Streptococcuspyogenes）；和表皮葡萄球菌（Staphylococcusepidermidis）；其中所述样品包含所述至少一种与败血症相关的细菌；其中所述至少一部分细菌16SrRNA基因或基因产物中的所述七个SNPs处在与SEQIDNO:1中所示的16SrRNA基因的位置273、378、412、440、488、647和653相对应的位置；其中：（A）当对应于SEQIDNO:1中所示的16SrRNA基因的273、378、412、440、488、647和653位的所述七个SNP分别为A、G、T、T、C、A和T时，所述至少一种败血症相关的细菌被鉴定为金黄色葡萄球菌或表皮葡萄球菌，然后基于在位置412上的SNP周围的DNA的高分辨率熔解曲线分析，将它们彼此区分开；（B）当对应于SEQIDNO:1中所示的16SrRNA基因的273、378、412、440、488、647和653位的所述七个SNP分别为A、A、A、T、T、G和T时，所述至少一种败血症相关的细菌被鉴定为粪肠球菌或屎肠球菌，然后基于在位置647上的SNP周围的DNA的高分辨率熔解曲线分析，将它们彼此区分开；（C）当对应于SEQIDNO:1中所示的16SrRNA基因的273、378、412、440、488、647和653位的所述七个SNP分别为T、G、A、C、T、C和A时，所述至少一种败血症相关的细菌被鉴定为粘质沙雷氏菌或产气肠杆菌，然后基于在位置440、488和647中的任一个位置上的SNP周围的DNA的高分辨率熔解曲线分析，将它们彼此区分开；（D）当对应于SEQIDNO:1中所示的16SrRNA基因的273、378、412、440、488、647和653位的所述七个SNP分别为T、G、A、C、C、C和G时，所述至少一种败血症相关的细菌被鉴定为阴沟肠杆菌；（E）当对应于SEQIDNO:1中所示的16SrRNA基因的273、378、412、440、488、647和653位的所述七个SNP分别为A、A、A、T、T、T和T时，所述至少一种败血症相关的细菌被鉴定为肺炎链球菌；（F）当对应于SEQIDNO:1中所示的16SrRNA基因的273、378、412、440、488、647和653位的所述七个SNP分别为A、A、A、T、A、A和T时，所述至少一种败血症相关的细菌被鉴定为无乳链球菌；（G）当对应于SEQIDNO:1中所示的16SrRNA基因的273、378、412、440、488、647和653位的所述七个SNP分别为A、G、A、T、A、A和T时，所述至少一种败血症相关的细菌被鉴定为化脓性链球菌；（H）当对应于SEQIDNO:1中所示的16SrRNA基因的273、378、412、440、488、647和653位的所述七个SNP分别为A、G、A、A、C、A和A时，所述至少一种败血症相关的细菌被鉴定为乙酸钙不动杆菌；（I）当对应于SEQIDNO:1中所示的16SrRNA基因的273、378、412、440、488、647和653位的所述七个SNP分别为T、G、A、C、C、C和T时，所述至少一种败血症相关的细菌被鉴定为大肠杆菌；（J）当对应于SEQIDNO:1中所示的16SrRNA基因的273、378、412、440、488、647和653位的所述七个SNP分别为T、G、A、C、C、C和A时，所述至少一种败血症相关的细菌被鉴定为肺炎克雷伯菌；（K）当对应于SEQIDNO:1中所示的16SrRNA基因的273、378、412、440、488、647和653位的所述七个SNP分别为T、G、A、C、C、T和A时，所述至少一种败血症相关的细菌被鉴定为奇异变形杆菌；或（L）当对应于SEQIDNO:1中所示的16SrRNA基因的273、378、412、440、488、647和653位的所述七个SNP分别为A、G、A、A、C、T和A时，所述至少一种败血症相关的细菌被鉴定为铜绿假单胞菌。

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