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申请/专利权人：西部(重庆)科学城种质创制大科学中心;西南大学
摘要：本发明公开了一种家蚕大规模蛋白质组数据统计及可视化的方法，利用R语言对获取到的千万行级数据进行质谱质量偏差、证据肽段长度分布、肽段电荷量、漏切位点数量等数据精度参数进行统计分析。通过对蛋白质组质谱数据鉴定文件中序列覆盖率统计、数据清洗、共表达基因筛选、特异表达基因筛选，获得家蚕基因表达模式，所有分析结果做可视化图片输出到目标文件夹。
主权项：1.一种家蚕大规模蛋白质组数据统计及可视化的方法，其特征在于：包括如下步骤：1对家蚕五龄第3天、蛹第4天、蛾第1天共3个时期31种组织样品，对获得的家蚕组织样品进行家蚕大规模蛋白质组学鉴定，获得256针家蚕大规模蛋白质组学原始数据；2利用Maxquant软件对大规模蛋白质组学图谱与家蚕基因组数据库进行匹配，获得家蚕各时期不同组织蛋白质表达谱；可变修饰选择OxidationM和AcetylProteinN-term，酶切位点选择TrypsinP，最大漏切位点两个，最大带电荷7，ProteinFDR为0.01，最小肽段长度设置为6；3通过vroom函数对千万行级质量精度文件数据读取、质谱质量偏差分析、证据肽段长度分布、肽段电荷量分布、漏切位点比例参数进行统计分析，绘制出可视化图表输出到目标文件夹；4对蛋白质定量文件proteinGroups.txt文件进行数据读取、序列覆盖率统计分析、数据清洗、共表达基因筛选和特异表达基因筛选分析策略，获得不同基因的表达模式，绘制出可视化图表输出到目标文件夹。
全文数据：
权利要求：
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