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申请/专利权人：上海交通大学
摘要：本发明提供了一种面向BWA‑MEM序列比对软件的异构加速系统及其实现方法，包括CPU程序和FPGA加速器；所述CPU程序采用异构批处理策略，解析输入比对文件、按顺序启动FPGA加速器、处理FPGA加速器输出、执行BWA‑MEM中种子过滤算法和种子链生成算法；所述异构批处理策略，针对种子生成阶段的SMEM搜索算法和种子延展阶段的Smith‑Waterman算法进行批处理重构。本发明在输出结果与原BWA‑MEM软件完全相同的情况下，大幅提高BWA‑MEM软件比对速度，提升序列比对吞吐量。
主权项：1.一种面向BWA-MEM序列比对软件的异构加速系统，其特征在于，包括CPU程序和FPGA加速器；所述CPU程序采用异构批处理策略，解析输入比对文件、按顺序启动FPGA加速器、处理FPGA加速器输出、执行BWA-MEM中种子过滤算法和种子链生成算法；所述异构批处理策略，针对种子生成阶段的SMEM搜索算法和种子延展阶段的Smith-Waterman算法进行批处理重构；所述SMEM搜索算法，将该部分程序提前执行，所有输入待比对序列被传输给FPGA，加速器计算后获取所有序列的超级最大精确匹配种子；所述Smith-Waterman算法，将双向延展的Smith-Waterman算法提前执行，批处理一条序列中所有种子链及其内部所有种子的双向延展后，将分数结果写回CPU再进行筛选。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 上海交通大学 面向BWA-MEM序列比对软件的异构加速系统及其实现方法
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