恭喜深圳吉因加医学检验实验室;苏州吉因加生物医学工程有限公司;北京吉因加医学检验实验室有限公司刘志达获国家专利权
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龙图腾网恭喜深圳吉因加医学检验实验室;苏州吉因加生物医学工程有限公司;北京吉因加医学检验实验室有限公司申请的专利一种病原微生物分析鉴定系统及其应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115862739B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-06-03发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211377592.X,技术领域涉及:G16B30/10;该发明授权一种病原微生物分析鉴定系统及其应用是由刘志达;杨振宇;刘久成;朱继发;王琮智设计研发完成,并于2022-11-04向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种病原微生物分析鉴定系统及其应用在说明书摘要公布了:本申请公开了一种病原微生物分析鉴定系统及其应用。本申请系统,包括数据统计模块、样本管理模块、实验管理模块、信息分析模块、报告管理模块和系统管理模块;信息分析模块包括样本分析子模块,其用于实现数据质控步骤、去宿主步骤、序列分类步骤、计算分类可信度指标步骤和过滤非致病菌步骤;可信度采用种水平、属水平reads数,种水平唯一Kmer数、对应物种基因组大小、reads覆盖大小、含有reads的窗口数、微生物基因组参考基因组按reads数进行筛选。本申请通过各个模块实现mNGS原始下机数据自动化分析,根据可信度筛选方案获得可靠分类结果,自动报出微生物,解决mNGS原始下机数据分析的专业技术人员依赖性。
本发明授权一种病原微生物分析鉴定系统及其应用在权利要求书中公布了:1.一种病原微生物分析鉴定系统,其特征在于:包括数据统计模块、样本管理模块、实验管理模块、信息分析模块、报告管理模块和系统管理模块;所述信息分析模块,包括样本分析子模块,所述样本分析子模块包括用于实现以下步骤;数据质控步骤,包括1根据数据测序质量,去除低质量reads;2去除残余接头序列;3标记低复杂度序列,包括将库中基因组打断成31bp-50bp且移步步长为1bp的序列集,把序列集中每条序列与人类参考基因组比较,如果100%匹配则把该序列在融合基因组上的相应位置的碱基用N进行替换,达到屏蔽人源同源区域序列的目的,降低人源同源区的干扰;对质粒序列进行屏蔽,通过PLSDB数据库把高质量基因组库中的细菌质粒同源区屏蔽;去宿主步骤,包括与人基因组序列直接进行比对,去除测序数据中的人源基因组序列;序列分类步骤,包括1基于kmer比对方法对物种进行分类;2对已公开的基因组序列进行过滤,包括过滤非特异序列、过滤低复杂度序列、标记同源序列、标记高致病菌序列、标记背景菌序列;计算分类可信度指标步骤,包括采用以下指标对比对结果的可信度进行筛选,SG=种水平reads数属水平reads数,0.6UN=种水平reads数种水平唯一Kmer数,0.8Coverage=reads覆盖大小对应物种基因组大小,3个区域SpeciesReadsDiscreteness=含有reads的窗口数微生物参考基因组按reads数分割的窗口数,0.4按照以上指标综合筛选,最终获得可靠的分类结果;过滤非致病菌步骤,包括根据试剂背景数据库、共生菌数据库、条件重要致病菌库,结合产出reads数,过滤非致病菌,确定最终报出微生物;所述数据质控步骤中,对质粒序列进行屏蔽包括,1把基因组fasta文件序列名称描述信息中含有“Plasmid”或“plasmid”关键词的序列去掉;2把除去质粒的基因组序列打断成31bp-50bp且移步步长为1bp的序列集,把序列集中每条序列与质粒数据库比较,如果100%匹配则把该序列在融合基因组上的相应位置的碱基用N进行替换,达到屏蔽质粒同源区域序列的目的。
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