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恭喜温氏食品集团股份有限公司;广州明领基因科技有限公司谈成获国家专利权

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龙图腾网恭喜温氏食品集团股份有限公司;广州明领基因科技有限公司申请的专利一种低深度全基因组测序数据的基因型填充计算方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119091961B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-03-18发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411012439.6,技术领域涉及:G16B30/00;该发明授权一种低深度全基因组测序数据的基因型填充计算方法是由谈成;王阳开;贺晓燕;陈墩金;陈丽;林凯翔;吴珍芳设计研发完成,并于2024-07-26向国家知识产权局提交的专利申请。

一种低深度全基因组测序数据的基因型填充计算方法在说明书摘要公布了:本申请公开了一种低深度全基因组测序数据的基因型填充计算方法,通过获取待填充的二倍体低深度测序样本;根据预设的远祖单倍体数目和栅格数目,采用隐马尔可夫模型的前向后向算法,建立隐马尔可夫模型;根据所述隐马尔可夫模型,对所述待填充的测序样本进行填充,即推测待填充样本中缺失位点处的基因型。本申请实施例中对二倍体低深度群体基因型填充算法中的马尔科夫链前向后向算法进行优化,从而对待填充的测序基因序列进行快速准确的填充,以减少运算量及运行内存空间需求。

本发明授权一种低深度全基因组测序数据的基因型填充计算方法在权利要求书中公布了:1.一种低深度全基因组测序数据的基因型填充计算方法,其特征在于,所述方法包括:获取待填充的二倍体低深度测序样本;根据预设的远祖单倍体数目和栅格数目,采用隐马尔可夫模型的前向后向算法,建立隐马尔可夫模型;根据所述隐马尔可夫模型,对所述待填充的测序样本进行填充,确定待填充测序样本中的样本缺失位点处的基因型;根据预设的远祖单倍体数目和栅格数目,采用隐马尔可夫模型的前向后向算法,建立隐马尔可夫模型,包括:根据所述栅格数目,对所述待填充的测序样本进行拆分,将测序样本的染色体划分为栅格;将所述栅格作为隐马尔可夫模型的步骤;为马尔可夫模型的转移矩阵,发射矩阵和初始概率分配存储变量,并设置初值;采用EM算法,计算转移矩阵,发射矩阵和初始概率的迭代稳定值;根据所述隐马尔可夫模型的状态数目采用隐马尔可夫模型的前向后向算法,实现EM算法的E步骤;所述根据所述隐马尔可夫模型,采用隐马尔可夫模型的前向后向算法,实现EM算法的E步骤,包括:对各个矩阵的对角线上的元素进行排序,先存储主对角线元素,再存储次一级对角线元素,并对各个矩阵的每行每列建立索引,得到行列索引名称和存储位置,其中,所述存储位置至少包括行索引和列索引;根据所述行索引和所述列索引,得到栅格状态概率矩阵、前向概率矩阵和后向概率矩阵;根据栅格状态概率矩阵、前向概率矩阵和后向概率矩阵的对角线上的元素进行求和,得到第一元素和;对所述栅格状态概率矩阵、所述前向概率矩阵和所述后向概率矩阵的其他元素进行求和计算,得到第二元素和;根据所述第一元素和与所述第二元素和,得到第三元素和。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人温氏食品集团股份有限公司;广州明领基因科技有限公司,其通讯地址为:527400 广东省云浮市新兴县新城镇东堤北路9号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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