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摘要:本发明公开了一种探究牙周炎中巨噬细胞相关分子机制及潜在治疗靶点的方法,涉及牙周炎治疗技术领域,包括以下步骤:S1、数据集初步筛选;S2、WGCNA分析:进行加权基因共表达网络分析WGCNA,将基因表达数据导入R语言的WGCNA包中进行分析;本发明中,采用加权基因共表达网络分析WGCNA以及机器学习算法等方法;WGCNA是一种高效、全面的高维数据分析方法,其分析基因芯片数据的准确性和有效性已经得到证实;此外,还通过外部数据集和牙周炎细胞动物模型来验证所得到的结果,进一步提高了结果的准确性;分析了来自GEO数据集的GSE16134,结果表明,CD39与牙周炎的发生、发展密切相关。
主权项:1.一种探究牙周炎中巨噬细胞相关分子机制及潜在治疗靶点的方法,其特征在于,包括以下步骤:S1、数据集初步筛选;S2、WGCNA分析:进行加权基因共表达网络分析WGCNA,将基因表达数据导入R语言的WGCNA包中进行分析;S3、GO与KEGG富集分析:对筛选出的巨噬细胞炎症基因模块进行GO和KEGG功能富集分析;S4、构建靶点蛋白相互作用的PPI网络并筛选核心靶点:根据步骤S3的比对结果,选取通过初步验证的GO富集分析和KEGG通路富集结果中的基因;将这些基因导入STRING数据库,生成蛋白互作的PPI网络图;然后将结果导入Cytoscape软件,分析网络节点的特征参数,确定核心靶点的筛选条件,识别出核心靶点;S5、通过机器学习算法进行关键基因筛选;S6、确定关键基因:将步骤S4和步骤S5中的基因取交集基因;S7、基因集富集分析:根据关键基因的表达水平将样本分为低表达组和高表达组;选择的参考基因集从分子特征数据库下载,确定关键基因参与牙周炎发病的潜在机制;S8、关键基因的表达验证:构建牙周炎动物模型及巨噬细胞炎症模型检测关键基因的表达水平。
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百度查询: 重庆医科大学 一种探究牙周炎中巨噬细胞相关分子机制及潜在治疗靶点的方法
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