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申请/专利权人：申友基因组研究院(南京)有限公司

摘要：本发明公开了一种基于杂交捕获测序技术的地中海贫血基因类型的检测方法；本发明从血液样本中提取DNA进行杂交捕获测序，获得所述DNA样本测序的原始下机数据；将上述原始数据进行标准质控，然后将其与人类参考基因组序列进行比对并标记重复序列；统计每个捕获区间的reads数，使用TMM算法进行标准化处理，通过与基线样本进行差异分析，获得每个捕获区间对应的log2Ratio；最后，使用局部加权回归算法对每个捕获区间的log2Ratio数据进行处理，有效地降低数据的噪音，平滑出基因型变异的趋势，为突变分类和变异检测提供更可靠的数据基础；本发明适用于血液等多种类型的样本检测，有利于为地中海贫血等遗传性疾病筛查提供重要的遗传学信息支持。

主权项：1.一种基于杂交捕获测序的缺失型α-地中海贫血基因类型的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤一：gDNA提取，收集受试者的样本，包括基线样本和待检样本，使用核酸提取试剂盒进行gDNA的提取，质控标准为DNA提取总量≥500ng，A260A280＝1.8-2.0。步骤二：文库构建和测序，对质控合格的gDNA样本进行测序文库构建，该测序文库插入片段为250-300bp，文库质控合格；使用探针panel对合格文库进行目标区域的杂交和捕获富集；然后对富集后的文库进行PE150测序；获得原始下机数据，QC指标合格，平均测序深度≥150X；步骤三：测序数据计算和TMM标准化，使用bedtools软件计算基线样本每个捕获区间的覆盖深度；使用20个基线样本每个捕获区间的覆盖深度建立baseline，并进行TMM标准化；使用bedtools软件计算待检样本每个捕获区间的覆盖深度，定义为coverage；对baseline和coverage进行合并，再次进行TMM标准化；步骤四：数据分析，使用R语言DEseq2工具包对步骤三baseline和coverage合并后的数据进行差异表达分析，得到基线样本和待检样本每个捕获区间的log2Ratio差异倍数信息；步骤五：平滑曲线图的绘制；对基线样本和待检样本每个捕获区间的log2Ratio数值执行局部加权回归算法，平滑得出基因型变异的趋势，进而判断地贫突变的基因类型。

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