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申请/专利权人：中国科学院遗传与发育生物学研究所
摘要：本发明公开了一种检测RNA结合蛋白与mRNA结合的细胞异质性的方法，该方法一方面通过融合具有RNA结合活性的目标蛋白与碱基编辑酶，使其在结合mRNA的同时引入特定类型的碱基编辑；另一方面与单细胞转录组测序技术整合，经过测序和数据分析可识别编辑信号，从而获得目标蛋白与mRNA在单细胞水平的结合位置与结合频率信息，最终揭示目标蛋白结合mRNA的细胞异质性，有助于理解目标蛋白在细胞水平的作用机制，并为精准编辑提供新的策略和指导。
主权项：1.一种检测RNA结合蛋白与mRNA结合的细胞异质性的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：1选择具有mRNA结合活性的目标蛋白；2构建目标蛋白与碱基编辑酶融合的表达载体；3将所述表达载体转入植物中稳定表达，通过基因型鉴定确定阳性植株；4对通过基因型鉴定的阳性植株，检测碱基编辑酶的表达和编辑情况；5使用确定可发生编辑的植株，制备原生质体，并使用单细胞转录组平台完成文库构建；6对高通量测序后的单细胞转录组数据进行细胞类型注释，区分出不同类型的细胞；7对测序数据进行碱基编辑信号识别，从而获得目标蛋白在单细胞层面结合mRNA的编辑特征；所述碱基编辑信号是指碱基编辑酶在mRNA上产生特定类型的突变；8根据碱基编辑信号，比较目标蛋白在各细胞类型间的编辑特征差异，判断RNA结合蛋白与mRNA结合的细胞异质性。
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