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申请/专利权人:西南科技大学
摘要:本发明公开了一种使用重叠图对三代宏基因组分箱的方法,该方法包括如下步骤:宏基因组Reads的重叠图信息构建;组成和覆盖特征构建与融合;针对整个数据集进行概率抽样;对抽取的样本进行聚类和标记;使用图神经网络进行分箱得到最终的分箱结果。本发明的目的在于针对第三代测序技术产生的较长的原始序列信息,无法很好的对较长序列的特征进行提取和结合的现状,提出了一种依赖重叠图的宏基因组分箱方法,通过序列间的近似重叠区域来构建重叠图,通过计算k‑mer频率向量,将节点度信息与k‑mer频率进行特征融合,旨在解决目前特征提取不充分,对特征融合方式不规范的问题,以及对样本采样不准确,导致分箱结果波动较大的问题。
主权项:1.一种使用重叠图对三代宏基因组分箱的方法,其特征在于,所述的使用重叠图对三代宏基因组分箱的方法包括如下步骤:步骤一、宏基因组Reads的重叠图信息构建;步骤二、组成和覆盖特征构建与融合;步骤三、针对整个数据集进行概率抽样;步骤四、对抽取的样本进行聚类和标记;步骤五、使用图神经网络进行分箱得到最终的分箱结果。
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百度查询: 西南科技大学 一种使用重叠图对三代宏基因组分箱的方法
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