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申请/专利权人：深圳阿尔法分子科技有限责任公司
摘要：本发明公开了一种用于分析G蛋白偶联受体与配体相互作用的方法和系统。该方法包括：接收用户输入的受体名称或晶体结构编号；收集受体相关晶体结构信息，并存入对应数据库；清理PDB文件并通过几何和物理化学特性进行计算分析，获得反映受体和配体相互作用的分析结果；对所述分析结果以2D可视化和3D可视化的形式显示相关数据。本发明可提供多种相互作用的分析，根据受体的多种结构进行3D整体结构可视化展示，以及2D可视化展示，从而有利于结构生物学研究、药效团研究、虚拟筛选等各个领域的深入研究。
主权项：1.一种用于分析G蛋白偶联受体与配体相互作用的方法，包括以下步骤：接收用户输入的受体名称或晶体结构编号；收集受体相关晶体结构信息，并存入对应数据库；清理PDB文件并通过几何和物理化学特性进行计算分析，获得反映受体和配体相互作用的分析结果；对所述分析结果以2D可视化和3D可视化的形式显示相关数据；其中，所述收集受体相关晶体结构信息，并存入对应数据库包括：从外部服务器选择标准的结构进行筛选，获取数据基础以及晶体结构编号，其中该标准包括A类GPCRs受体、结构分辨率、活性状态或中间状态受体、存有小型配体；针对获取的数据基础，检索有关晶体结构的数据，并将收集的晶体结构信息存储在受体结构数据库、结构分组数据库、配体数据库以及所使用的配体工具，其中受体结构数据库存储的信息包括受体名称、链编号、分辨率、宿主种类、参考文献和配体名称；结构分组数据库设计为将相同受体、相同宿主种类、相同配体类型的结构组合在一起，称为三相同聚集；配体数据库存储的信息包括配体的名称以及配体的理化和几何性质；其中，所述清理PDB文件并通过几何和物理化学特性进行计算分析包括：生成仅包含受体、配体和水分子的第一PDB文件；通过填充残基侧链优化受体；根据第一PDB文件并经过所述优化受体，通过几何和物理化学特性进行计算分析，并存储分析结果。
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权利要求：
百度查询： 深圳阿尔法分子科技有限责任公司 用于分析G蛋白偶联受体与配体相互作用的方法和系统
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