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申请/专利权人：中国林业科学研究院林业研究所;中国林业科学研究院亚热带林业实验中心;红安县国有紫云寨林场

摘要：本发明公开了一种高通量鉴定鹅掌楸品种的方法及其专用KASP引物组合。SNP引物组合由32个引物组组成。每个引物组由3条引物序列组成，用于扩增一个SNP位点。32个引物组中各个引物的核苷酸序列依次如序列表中序列1至序列96所示。本发明提供的SNP引物组合可用于鉴定鹅掌楸品种，对农业生产和品种选育过程中明确鹅掌楸品种具有重要的应用价值。本发明提供的方法具有高通量、准确、低成本、操作简单、节约人力、物力等有点，具有十分广阔的应用前景。

主权项：1.一种高通量鉴定鹅掌楸品种的SNP引物组合，所述SNP引物组合包括如下32个引物组，每个引物组由两条正向引物和一条反向引物组成，并通过竞争性等位基因特异性PCR对相应SNP位点进行基因分型：第一引物组用于对第一SNP位点进行基因分型，所述第一SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058523染色体第776634位核苷酸，该位点的碱基为T或C；第二引物组用于对第二SNP位点进行基因分型，所述第二SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058429染色体第7025535位核苷酸，该位点的碱基为T或C；第三引物组用于对第三SNP位点进行基因分型，所述第三SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058523染色体第776450位核苷酸，该位点的碱基为T或C；第四引物组用于对第四SNP位点进行基因分型，所述第四SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02001614染色体第65114位核苷酸，该位点的碱基为G或A；第五引物组用于对第五SNP位点进行基因分型，所述第五SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058468染色体第7808002位核苷酸，该位点的碱基为C或T；第六引物组用于对第六SNP位点进行基因分型，所述第六SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02000736染色体第6633418位核苷酸，该位点的碱基为A或C；第七引物组用于对第七SNP位点进行基因分型，所述第七SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02003234染色体第118696位核苷酸，该位点的碱基为T或G；第八引物组用于对第八SNP位点进行基因分型，所述第八SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058508染色体第1060202位核苷酸，该位点的碱基为T或G；第九引物组用于对第九SNP位点进行基因分型，所述第九SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058408染色体第3449424位核苷酸，该位点的碱基为A或C；第十引物组用于对第十SNP位点进行基因分型，所述第十SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02002510染色体第736800位核苷酸，该位点的碱基为C或A；第十一引物组用于对第十一SNP位点进行基因分型，所述第十一SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058344染色体第3227139位核苷酸，该位点的碱基为G或T；第十二引物组用于对第十二SNP位点进行基因分型，所述第十二SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058358染色体第1427493位核苷酸，该位点的碱基为G或A；第十三引物组用于对第十三SNP位点进行基因分型，所述第十三SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058370染色体第2284845位核苷酸，该位点的碱基为A或G；第十四引物组用于对第十四SNP位点进行基因分型，所述第十四SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058391染色体第2046664位核苷酸，该位点的碱基为T或C；第十五引物组用于对第十五SNP位点进行基因分型，所述第十五SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058429染色体第631328位核苷酸，该位点的碱基为A或G；第十六引物组用于对第十六SNP位点进行基因分型，所述第十六SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058461染色体第8818895位核苷酸，该位点的碱基为A或G；第十七引物组用于对第十七SNP位点进行基因分型，所述第十七SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058492染色体第2330981位核苷酸，该位点的碱基为C或T；第十八引物组用于对第十八SNP位点进行基因分型，所述第十八SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058509染色体第1595342位核苷酸，该位点的碱基为T或G；第十九引物组用于对第十九SNP位点进行基因分型，所述第十九SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058556染色体第467369位核苷酸，该位点的碱基为G或T；第二十引物组用于对第二十SNP位点进行基因分型，所述第二十SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02000127染色体第151458位核苷酸，该位点的碱基为A或T；第二十一引物组用于对第二十一SNP位点进行基因分型，所述第二十一SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02000133染色体第3549044位核苷酸，该位点的碱基为A或T；第二十二引物组用于对第二十二SNP位点进行基因分型，所述第二十二SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02000315染色体第100364位核苷酸，该位点的碱基为G或A；第二十三引物组用于对第二十三SNP位点进行基因分型，所述第二十三SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02000629染色体第1177887位核苷酸，该位点的碱基为T或C；第二十四引物组用于对第二十四SNP位点进行基因分型，所述第二十四SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02000785染色体第1403383位核苷酸，该位点的碱基为C或G；第二十五引物组用于对第二十五SNP位点进行基因分型，所述第二十五SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02000815染色体第588430位核苷酸，该位点的碱基为G或A；第二十六引物组用于对第二十六SNP位点进行基因分型，所述第二十六SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02000859染色体第110662位核苷酸，该位点的碱基为G或T；第二十七引物组用于对第二十七SNP位点进行基因分型，所述第二十七SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02001353染色体第113297位核苷酸，该位点的碱基为A或G；第二十八引物组用于对第二十八SNP位点进行基因分型，所述第二十八SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02001381染色体第779851位核苷酸，该位点的碱基为A或G；第二十九引物组用于对第二十九SNP位点进行基因分型，所述第二十九SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02002850染色体第1673522位核苷酸，该位点的碱基为G或A；第三十引物组用于对第三十SNP位点进行基因分型，所述第三十SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02003234染色体第5478位核苷酸，该位点的碱基为A或C；第三十一引物组用于对第三十一SNP位点进行基因分型，所述第三十一SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第PVNU02004155染色体第1089492位核苷酸，该位点的碱基为T或C；第三十二引物组用于对第三十二SNP位点进行基因分型，所述第三十二SNP位点位于鹅掌楸参考基因组Lushan-1第ML058417染色体第597622位核苷酸，该位点的碱基为G或T；所述第一引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列1的第22位至第47位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列2的第22位至第46位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列3所示；所述第二引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列4的第22位至第46位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列5的第22位至第45位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列6所示；所述第三引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列7的第22位至第48位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列8的第22位至第46位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列9所示；所述第四引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列10的第22位至第49位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列11的第22位至第51位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列12所示；所述第五引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列13的第22位至第46位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列14的第22位至第47位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列15所示；所述第六引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列16的第22位至第47位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列17的第22位至第46位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列18所示；所述第七引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列19的第22位至第46位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列20的第22位至第44位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列21所示；所述第八引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列22的第22位至第48位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列23的第22位至第47位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列24所示；所述第九引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列25的第22位至第50位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列26的第22位至第50位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列27所示；所述第十引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列28的第22位至第49位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列29的第22位至第51位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列30所示；所述第十一引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列31的第22位至第45位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列32的第22位至第47位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列33所示；所述第十二引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列34的第22位至第46位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列35的第22位至第47位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列36所示；所述第十三引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列37的第22位至第48位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列38的第22位至第47位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列39所示；所述第十四引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列40的第22位至第46位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列41的第22位至第46位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列42所示；所述第十五引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列43的第22位至第47位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列44的第22位至第44位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列45所示；所述第十六引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列46的第22位至第46位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列47的第22位至第44位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列48所示；所述第十七引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列49的第22位至第46位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列50的第22位至第47位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列51所示；所述第十八引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列52的第22位至第44位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列53的第22位至第43位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列54所示；所述第十九引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列55的第22位至第42位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列56的第22位至第43位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列57所示；所述第二十引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列58的第22位至第47位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列59的第22位至第47位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列60所示；所述第二十一引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列61的第22位至第46位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列62的第22位至第46位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列63所示；所述第二十二引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列64的第22位至第42位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列65的第22位至第43位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列66所示；所述第二十三引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列67的第22位至第43位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列68的第22位至第42位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列69所示；所述第二十四引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列70的第22位至第46位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列71的第22位至第46位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列72所示；所述第二十五引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列73的第22位至第44位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列74的第22位至第45位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列75所示；所述第二十六引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列76的第22位至第44位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列77的第22位至第46位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列78所示；所述第二十七引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列79的第22位至第44位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列80的第22位至第43位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列81所示；所述第二十八引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列82的第22位至第43位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列83的第22位至第42位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列84所示；所述第二十九引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列85的第22位至第48位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列86的第22位至第48位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列87所示；所述第三十引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列88的第22位至第45位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列89的第22位至第44位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列90所示；所述第三十一引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列91的第22位至第44位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列92的第22位至第42位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列93所示；所述第三十二引物组中，第一正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列94的第22位至第46位所示，第二正向引物的特异性部分的核苷酸序列如序列表中序列95的第22位至第47位所示，反向引物的核苷酸序列如序列表中序列96所示。

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权利要求：

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