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申请/专利权人：济南市疾病预防控制中心
摘要：本发明提出了一种基于宏基因组的食源性暴发事件溯源方法和系统，属于生物信息学技术领域。本发明首先通过运行基于k‑mer算法的快速比对软件对食源性暴发事件样本宏基因组测序数据进行物种分类并计算相对丰度、rPM得到物种丰度表，进而根据物种丰度表和三级十二维现场流行病学数据量表运用随机森林模型，初步判定食源性暴发事件的条件致病菌；通过识别并抓取各样本宏基因组测序数据中该菌的毒力基因，并进一步通过识别各样本毒力基因的SNP数目及进化分析来确定本次暴发的病原菌。通过构建该方法和系统，实现了对各类致病菌所致食源性暴发事件的准确溯源，有助于对暴发事件的及时有效处置。
主权项：1.一种基于宏基因组的食源性暴发事件溯源方法，其特征在于，所述方法包括S1、获取待测样品的宏基因组数据；基于所述宏基因组数据，初步判断食源性暴发事件的条件性致病菌；S2、对宏基因组数据进行组装得到重叠群序列；S3、重叠群序列与毒力基因数据库中符合步骤S1初步判定的条件性致病菌所含的毒力基因进行比对，得各样本所含毒力基因列表；S4、从S3所得毒力基因列表中，筛选出在3～10个样本中存在的毒力基因；S5、从各样本重叠群序列中提取S4中所得毒力基因的序列；S6、计算S5中所得毒力基因在各样本中的SNP差异数量，如果SNP差异数量均小于10，则S1条件致病菌为本次暴发事件的致病菌；所述S1中，初步判断食源性暴发事件的条件性致病菌方法为：基于物种分类和暴发事件三级十二维现场流行病学数据量表数据，运用随机森林预测模型，初步判断食源性暴发事件的病原体；继续判断是否为条件致病菌，如是，则执行S3。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 济南市疾病预防控制中心 一种基于宏基因组的食源性暴发事件溯源方法和系统
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