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申请/专利权人：厦门万基生物科技有限公司

摘要：本发明提供了一种用微单倍型判定无创产前亲权关系的方法，具体地，本发明利用了一种筛选位点的方法，该方法包括预过滤、鉴定微单倍型、统计微单倍型群体遗传学参数、Hardy‑Weinberg平衡检验。本发明方法对比穿刺取样的方法具有鉴定过程没有创伤，取样和邮寄样本方便；对比现有利用SNP的方法，本发明方法由于采用微单倍型这种标记物，减少了位点需要也就降低了成本；而且微单倍型具有多等位基因的优势，对复杂混合样本，比如异卵双胎等的鉴定具有鉴定能力，弥补了SNP的不足。本发明对鉴定过程给出了具体可行的方案，设立了完善的质控，针对现实中可能出现的各种问题提供了解决的方案。

主权项：1.一种包括筛选位点方法步骤的判定无创产前亲权关系的方法，其特征在于，所述判定无创产前亲权关系的方法包括对测序背景噪音的校准，其中，通过下述计算背景错误：比对结果通过GATK基因分型软件callsnp后得到vcf文件，将所有微单倍型的包含的snp去掉后，统计剩下snp中与参考基因组不一致的碱基数，除以样本的所有比对到微单倍型的碱基数目，也可通过增加UMI方法来实现统计和校准背景错误方法；筛选位点的方法还包括鉴定方法，其利用累计亲权指数或者t-test，P值来判断亲缘关系；所述判定无创产前亲权关系的方法包括样本污染情况的分析方法：以男性样本中不在合理频率的基因型来评估样本是否污染，基因型可以是以微单倍型为标记，也可以用SNP为标记来分析是否污染；其中筛选位点的方法，包括如下步骤：（1）预过滤；（2）鉴定微单倍型；（3）统计微单倍型群体遗传学参数；（4）Hardy-Weinberg平衡检验；所有预过滤后的SNP按照位置排序后，第一个SNP定为“起始SNP”，依次和后面组合，满足和“起始SNP”间隔350bp以内就组合成微单倍型，以“起始SNP”和snp个数为唯一标记；如果SNP和“起始SNP”超过350bp，就将原“起始SNP”下一个SNP标记为“起始SNP”，进行上述组合，依次对每个SNP进行鉴定；对某个“起始SNP”的微单倍型可能组合超过2个SNP，选包含SNP最多的为完整集，其他为子集，去掉子集；可能相邻的微单倍型“起始SNP”间间隔小于350bp，即微单倍型间部分重合，先保留；在步骤（2）中，间隔350bp，根据选取试剂及实验条件调整，在产前亲子鉴定中由于cf-DNA片段较短，选取70-150bp；在步骤（4）中，对筛选的微单倍型，采用皮尔森卡方检验对微单倍型的基因型分布频率进行哈迪-温伯格平衡检验，标记出不符合的微单倍型组合，根据后续应用选择。

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