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申请/专利权人：南京医科大学
摘要：本发明公开了一种针对微量卵母细胞或早期胚胎细胞改良版的ATAC技术。本技术针对微量细胞进行实验开发。生殖细胞起始量在50‑100个，体细胞的数目在500‑1k左右。本发明改良版的ATAC的技术通过简化实验流程，改变孵育条件，利用Tn5酶建库的方法使该技术更加适用于生殖细胞以及微量细胞。改良版的ATAC的结果显示，针对卵母细胞和早期胚胎细胞整体的基因比对率达到80％‑95％，线粒体片段比对率降低至20％‑30％，TSS转录起始位点位置中有明显的富集，数据质量有了很大的提升，整体数据质量可以满足分析需求。
主权项：1.一种改良的ATAC-seq方法，其特征在于，包含以下步骤：1细胞处理：使用台式液处理细胞的透明带，然后将细胞放入裂解液2XLysisBufferA中，在冰上进行裂解8～15min；2片段化和终止消化：向上一步所得裂解样品中加入打断体系，孵育20～40min，加入2ul的stopbuffer在55℃下终止14-16h；3文库扩增：终止消化之后的体系直接加入PCR扩增体系以及index引物标签进行扩增；4扩增产物片段纯化；5上机测序；其中，所述的裂解液2XlysisBufferA配方为：pH＝7.5的Tris-HCl18～22mM，NaCl18～22mM，MgCl25～8mM；所述的StopBuffer配方为：pH＝8.0的Tris-HCl90～110mM，NaCl90～110mM，SDS0.3～0.8wt％，ProteinaseK30～50ugml。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 南京医科大学 一种针对微量卵母细胞或早期胚胎细胞改良版的ATAC技术
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