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申请/专利权人：华中农业大学

摘要：本发明公开了一种筛选种母鸡贮精能力性状候选位点的方法和应用，属于家禽分子标记筛选鉴定技术领域，本发明结合重测序技术和极端群体表型信息，通过计算每个位点的群体分化统计量并与全基因组关联分析相结合，对种母鸡贮精能力性状候选位点和候选基因进行筛选。通过人工构建表型梯度差异群体的方法，使实验样本的数目大幅度降低，有效缩减了研究成本；该筛选方法具有数据量丰富，检测精度高的优点。本发明基于该方法筛选得到了5个种母鸡贮精能力性状候选位点，从而有效提高了种母鸡遗传改良的效率，降低育种工作的成本，为实际的蛋鸡种禽育种工作提供理论依据。

主权项：1.一种筛选种母鸡贮精能力性状候选位点的方法，其特征在于，所述方法包括：步骤1、饲养同一品种且日龄相同的产蛋种母鸡，从初产期开始每月统计每只种母鸡的最长受精天数表型数据，获得不少于250羽产蛋种母鸡的有效表型数据，并于统计的最后一天提取所述产蛋种母鸡的全部血样；步骤2、对步骤1统计的最长受精天数表型数据进行分析，根据表型数据差异划分3对梯度亚群，包括最高差异梯度对、中等差异梯度对、普通差异梯度对群体，具体为：按最长受精天数进行秩排序，选取前50个样本与后50个样本组成普通差异梯度对，在此基础上取最长受精天数值最大的35个样本与最长受精天数值最小的35个样本组成中等差异梯度对，再在中等差异梯度对的基础上取最长受精天数值最大的20个样本与最长受精天数值最小的20个样本组成最高差异梯度对；步骤3、提取步骤2所述的普通差异梯度对的100个产蛋种母鸡的血液样品DNA并进行重测序，去除缺失率大于20％的位点及最小等位基因频率小于0.05的位点，获得SNP位点数据，并基于所述SNP位点数据分别计算步骤2中三个梯度对的FST统计量和AFD统计量；步骤4、对步骤3计算的FST统计量和AFD统计量中每个位点呈梯度变化的统计量进行秩排序，其中FST统计量和AFD统计量中前1％统计量对应的重叠SNP位点定义为目标性状关联位点；步骤5、对步骤3获得的100个样品的重测序数据进行全基因组关联分析，取P值最小的10个位点作为候选位点；步骤6、对步骤4获得的目标性状关联位点和步骤5获得的候选位点进行注释，取所述目标性状关联位点和所述候选位点的的重叠位点作为种母鸡贮精能力性状候选位点，所述贮精能力性状候选位点注释到的基因为贮精能力性状候选基因。

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