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用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法、引物组及其应用 

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申请/专利权人:江苏集萃药康生物科技股份有限公司

摘要:本发明涉及近交系小鼠品系遗传背景鉴定与遗传污染检测领域,提供了用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法、引物组及其应用,具体而言,该方法包括检测待测小鼠的特异性SNP位点的基因型,以快速高效地从相关近交品系中快速鉴定出DBA品系,从而快速高效地将DBA品系与其他品系的遗传信息有效区分,实现遗传质量监控中杂交品系溯源的检测需求,该方法具有能够采用低成本监控DBA近交系小鼠遗传质量的优点。

主权项:1.检测SNP位点组合基因型的引物组在从8种近交系小鼠中鉴定出DBA1J品系小鼠中的应用,其特征在于,所述SNP位点组合及其基因型如下: SNP位点 DBA1J基因型 129S1SvImJ基因型 AJ基因型 BALBcJ基因型 C57BL6J基因型 CBACaJ基因型 FVBNJ基因型 NODLtJ基因型 rs3023100 TT GG GG GG GG GG GG GG rs3688321 AA TT TT TT TT TT TT TT rs3726373 CC AA AA AA AA AA AA AA rs4221957 TT CC CC CC CC CC CC CC rs4229720 AA GG GG GG GG GG GG GG rs3672565 CC TT CC CC CC CC CC CC rs3687255 TT TT TT TT TT GG TT TT rs3705913 GG AA GG GG GG GG GG GG rs3706767 TT CC TT TT TT TT TT TT rs3725703 CC CC CC CC GG CC CC CC rs3653863 AA GG AA AA AA AA AA AA rs3699591 CC CC CC CC TT CC CC CC rs3157180 CC CC CC CC TT CC CC CC rs3672701 CC CC CC CC CC AA CC CC rs3693721 GG TT GG GG GG GG GG GG rs3702010 TT GG TT TT TT TT TT TT rs3723733 AA AA AA AA GG AA AA AA rs4229615 CC CC TT CC CC CC CC CC rs4193065 TT AA TT TT AA AA TT TT rs3708285 GG AA AA AA GG AA AA AA rs4222623 CC CC GG GG GG GG GG GG rs3715125 AA AA GG GG GG GG GG GG rs3707414 CC AA AA CC CC CC AA AA rs3702501 GG GG CC CC CC CC CC CC rs3718133 AA GG GG AA GG AA GG GG rs3685257 AA GG GG AA GG AA GG GG rs3722801 CC AA AA AA CC CC AA AA rs4136902 GG AA AA AA AA GG AA AA rs3707104 CC CC CC TT TT TT CC CC rs3090019 GG TT TT TT TT GG TT TT rs4231663 TT CC CC CC CC TT CC CC rs3707114 CC TT TT TT TT CC TT TT rs4232012 CC AA AA AA AA CC AA AA rs3695591 TT CC CC CC TT TT CC CC rs3723498 AA GG GG GG AA AA GG GG rs3685081 TT CC CC TT TT CC TT TT rs3022887 AA GG GG AA AA AA GG GG rs3023067 AA TT TT TT AA TT TT TT rs3023205 GG CC CC CC GG CC CC CC rs3023617 CC TT TT TT TT CC TT TT rs3023727 TT TT TT TT TT GG GG TT rs3023981 CC CC TT TT TT TT TT TT rs3024048 GG GG TT GG GG GG TT TT rs3655019 AA AA GG GG AA GG GG GG rs3656494 TT TT CC CC TT CC CC CC rs3658667 TT TT CC CC CC TT CC CC rs3660290 AA CC CC CC CC AA CC CC rs3661835 AA TT TT TT AA AA TT TT rs3663821 TT AA TT TT TT TT AA TT rs3664298 AA AA CC CC CC CC CC CC rs3665335 CC CC AA AA AA CC AA AA rs3665690 AA GG GG GG AA GG GG GG rs3666902 CC CC TT TT TT CC TT TT rs3667255 GG AA AA GG AA AA AA AA rs3667493 CC AA AA AA CC AA AA AA rs3669009 GG GG AA AA AA GG AA AA rs3672290 GG GG CC CC CC GG CC CC rs3674386 GG AA AA AA GG GG AA AA rs3676680 TT CC CC TT TT TT CC CC rs3677240 GG AA AA AA GG AA AA AA rs3677704 AA TT TT TT AA TT TT TT rs3679358 TT CC CC CC TT CC CC CC rs3679924 TT TT GG TT GG TT GG GG rs3680834 CC CC CC CC GG CC CC GG rs3681143 TT CC TT TT TT TT CC TT rs3681171 TT GG TT TT TT TT TT GG rs3683775 GG GG AA AA AA AA AA AA rs3684371 GG GG TT TT GG TT GG GG rs3688569 CC GG GG GG CC GG GG GG rs3689602 TT TT GG TT GG TT GG GG rs3689696 GG TT TT TT GG TT TT TT rs3689878 TT AA AA AA TT TT AA AA rs3691185 GG GG GG GG AA GG AA GG rs3692326 GG CC CC CC GG GG CC CC rs3692583 TT TT GG GG GG TT GG GG rs3693131 AA AA CC AA CC CC AA AA rs3699358 TT CC CC CC TT TT CC CC rs3704084 CC CC TT TT TT CC TT TT rs3705233 TT TT GG GG TT GG GG GG rs3707668 TT AA AA AA TT AA AA AA rs3709255 TT TT CC CC TT CC CC CC rs3709913 GG GG AA AA GG GG GG GG rs3710327 AA AA GG AA GG AA GG GG rs3714233 TT TT TT CC TT TT CC TT rs3720676 GG GG AA AA AA GG AA AA rs3724474 TT AA TT TT TT TT TT AA rs4137562 AA AA GG GG GG AA GG GG rs4140148 CC GG GG GG CC GG GG GG rs4173519 CC TT TT TT CC TT TT TT rs4216475 AA AA CC CC CC AA CC CC rs4222507 TT CC CC TT TT TT CC CC rs4223268 CC TT TT CC TT CC CC CC rs4223499 AA GG GG AA GG GG GG GG rs4226866 AA CC CC CC CC AA CC CC rs4230248 CC CC TT TT TT CC TT TT rs4230609 AA AA GG GG AA GG AA AA 所述8种近交系包括:129S1SvImJ、AJ、BALBcJ、C57BL6J、CBACaJ、DBA1J、FVBNJ和NODLtJ。

全文数据:用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法、引物组及其应用技术领域本发明涉及近交系小鼠品系遗传背景鉴定与遗传污染检测领域,具体而言,涉及用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法、引物组及其应用。背景技术实验动物质量控制是实验动物行业健康发展的核心问题,小鼠微生物质量控制及遗传背景控制是其中的重要控制因素。实验动物品系系指来源明确,并采用某种交配方法繁殖,而具有相似的外貌、独特的生物学特征和稳定的遗传特征,可用于不同实验目的的动物群体,具有明确遗传背景并受严格遗传控制的遗传限定动物。根据其遗传特点的不同,按品系分为近交系、突变系、封闭群、杂交群和遗传工程动物。用于遗传背景质量控制检测方法主要有三种:生化标记分析法、微卫星DNA以及SNP单核苷酸的多态性检测等。目前国际所规定的遗传检测方法是生化标记分析法,这一方法是检测同工酶或异构蛋白酶的变化来推测相应的基因变化。使用该方法进行检测,存在准确率低、灵敏度低、检测位点有限、反应遗传概貌有限等弊端。发明内容本发明的第一目的在于提供一种用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法,其能够快速高效地从相关近交品系中快速鉴定出DBA品系,从而快速高效地将DBA品系与其他品系的遗传信息有效区分,实现遗传质量监控中杂交品系溯源的检测需求,该方法具有能够采用低成本监控DBA近交系小鼠遗传质量的优点。本发明的第二目的在于提供一种用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的引物组,该引物组能够有效扩增用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的特异性SNP位点,以达到快速鉴定DBA小鼠及其相关品系的检测目的。本发明的第三目的在于提供一种用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的试剂盒,其能够快速鉴定DBA小鼠及其相关品系。本发明的第四目的在于提供上述引物组在监控DBA近交系小鼠遗传质量中的应用。本发明是这样实现的:分子遗传标记可以对实验动物进行精细监管,是一种完善的实验动物质量检测手段,其中,SNP检测作为分子遗传标记的一门技术,在基因组水平检测由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。本发明实施例提供了一种用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法,其包括检测待测小鼠如下SNP位点的基因型:rs3023100、rs3688321、rs3726373、rs4221957和rs4229720;表1SNP位点如果待测小鼠在上述5个SNP位点的基因型如DBA1J基因型所示,则待测小鼠为DBA品系;如果待测小鼠的如上5个SNP位点的基因型如上表所示的其他品系AJ、129S1SvImJ、BALBCJ、CBACAJ、FVBNJ或NODLTJ品系基因型一致,则待测小鼠为对应品系,见表1。如表1所示的5个SNP位点分布于DBA的各染色体上,包含了DBA近交系的典型特征,该位点组合满足在染色体上等间距分布每条染色体上的特异性位点数不少于2个,满足DBA品系的验证,同时能够用以支持DBA品系与其他品系遗传信息的有效区分。进一步地,在本发明的一些实施例中,上述用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法还包括检测如下SNP位点中任意一个或多个SNP位点的基因型:rs3672565、rs3687255、rs3705913、rs3706767、rs3725703、rs3653863、rs3699591、rs3157180、rs3672701、rs3693721、rs3702010、rs3723733和rs4229615;优选地,上述用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法还包括检测如下13个SNP位点的基因型,13个SNP位点的基因型具体如表2所示。表2SNP位点如表2所示的13个位点能够用于特异性鉴别除DBA以外的品系,从而有效区分DBA近交系小鼠如表2所列出的其他近交系,以实现遗传质量监控中杂交品系溯源的检测需求。进一步地,在本发明的一些实施例中,方法还包括检测如下SNP位点中任意一个或多个SNP位点的基因型:rs4193065、rs3708285、rs4222623、rs3715125、rs3707414、rs3702501、rs3718133、rs3685257、rs3722801、rs4136902、rs3707104、rs3090019、rs4231663、rs3707114、rs4232012、rs3695591、rs3723498、rs3685081、rs3022887、rs3023067、rs3023205、rs3023617、rs3023727、rs3023981、rs3024048、rs3655019、rs3656494、rs3658667、rs3660290、rs3661835、rs3663821、rs3664298、rs3665335、rs3665690、rs3666902、rs3667255、rs3667493、rs3669009、rs3672290、rs3674386、rs3676680、rs3677240、rs3677704、rs3679358、rs3679924、rs3680834、rs3681143、rs3681171、rs3683775、rs3684371、rs3688569、rs3689602、rs3689696、rs3689878、rs3691185、rs3692326、rs3692583、rs3693131、rs3699358、rs3704084、rs3705233、rs3707668、rs3709255、rs3709913、rs3710327、rs3714233、rs3720676、rs3724474、rs4137562、rs4140148、rs4173519、rs4216475、rs4222507、rs4223268、rs4223499、rs4226866、rs4230248以及rs4230609。优选地,用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法还包括检测如表3所示的78个SNP位点的基因型,请参照表3。表3SNP位点需要说明的是,在表3的78个位点中,其中有9个位点还可以用于区分DBA的子品系:DBA1以及DBA2,具体请参照表4:表4SNP位点的基因型进一步地,本发明实施例提供一种监控DBA近交系小鼠遗传质量的引物组,其包括引物组合1~引物组合5。引物组合1~引物组合5分别用于检测如下SNP位点的基因型:rs3023100、rs3688321、rs3726373、rs4221957和rs4229720。具体地,每组引物组合用于KASPKompetitiveAlleleSpecificPCR,竞争性等位基因特异性PCR法检测待测样品的SNP位点。每组引物组合均包括3条引物序列,两条正向引物以及一条反向引物。优选地,引物组合1包括SEQIDNo.79~81所示的引物;引物组合2包括SEQIDNo.94~96所示的引物;引物组合3包括SEQIDNo.142~144所示的引物;引物组合4包括SEQIDNo.37~39所示的引物;引物组合5包括SEQIDNo.163~165所示的引物。进一步地,本发明实施例还提供用于检测上述5个SNP位点的备用引物组合:引物组合1a~引物组合5a。具体地,引物组合1a包括SEQIDNo.289~291所示的引物;引物组合2a包括SEQIDNo.292~294所示的引物;引物组合3a包括SEQIDNo.295~297所示的引物;引物组合4包括SEQIDNo.298~300所示的引物;引物组合5a包括SEQIDNo.301~303所示的引物。进一步地,本发明实施例提供的引物组还包括引物组合6~引物组合18;引物组合6~引物组合18分别用于检测如下SNP位点的基因型:rs3672565、rs3687255、rs3705913、rs3706767、rs3725703、rs3653863、rs3699591、rs3157180、rs3672701、rs3693721、rs3702010、rs3723733和rs4229615。优选地,引物组合6包括SEQIDNo.241~243所示的引物;引物组合7包括SEQIDNo.244~246所示的引物;引物组合8包括SEQIDNo.247~249所示的引物;引物组合9包括SEQIDNo.286~288所示的引物;引物组合10包括SEQIDNo.229~231所示的引物;引物组合11包括SEQIDNo.232~234所示的引物;引物组合12包括SEQIDNo.250~252所示的引物;引物组合13包括SEQIDNo.235~237所示的引物;引物组合14包括SEQIDNo.13~15所示的引物;引物组合15包括SEQIDNo.127~129所示的引物;引物组合16包括SEQIDNo.124~126所示的引物;引物组合17包括SEQIDNo.130~132所示的引物;引物组合18包括SEQIDNo.157~159所示的引物。进一步地,引物组还包括引物组合19~引物组合96;引物组合19~引物组合96分别用于检测如下SNP位点的基因型:rs4193065、rs3708285、rs4222623、rs3715125、rs3707414、rs3702501、rs3718133、rs3685257、rs3722801、rs4136902、rs3707104、rs3090019、rs4231663、rs3707114、rs4232012、rs3695591、rs3723498、rs3685081、rs3022887、rs3023067、rs3023205、rs3023617、rs3023727、rs3023981、rs3024048、rs3655019、rs3656494、rs3658667、rs3660290、rs3661835、rs3663821、rs3664298、rs3665335、rs3665690、rs3666902、rs3667255、rs3667493、rs3669009、rs3672290、rs3674386、rs3676680、rs3677240、rs3677704、rs3679358、rs3679924、rs3680834、rs3681143、rs3681171、rs3683775、rs3684371、rs3688569、rs3689602、rs3689696、rs3689878、rs3691185、rs3692326、rs3692583、rs3693131、rs3699358、rs3704084、rs3705233、rs3707668、rs3709255、rs3709913、rs3710327、rs3714233、rs3720676、rs3724474、rs4137562、rs4140148、rs4173519、rs4216475、rs4222507、rs4223268、rs4223499、rs4226866、rs4230248以及rs4230609;优选地,引物组合19包括SEQINNo.199~201所示的引物;引物组合20包括SEQINNo.49~51所示的引物;引物组合21包括SEQINNo.10~12所示的引物;引物组合22包括SEQINNo.16~18所示的引物;引物组合23包括SEQINNo.154~156所示的引物;引物组合24包括SEQINNo.175~177所示的引物;引物组合25包括SEQINNo.220~222所示的引物;引物组合26包括SEQINNo.52~54所示的引物;引物组合27包括SEQINNo.64~66所示的引物;引物组合28包括SEQINNo.73~75所示的引物;引物组合29包括SEQINNo.193~195所示的引物;引物组合30包括SEQINNo.196~198所示的引物;引物组合31包括SEQINNo.211~213所示的引物;引物组合32包括SEQINNo.214~216所示的引物;引物组合33包括SEQINNo.226~228所示的引物;引物组合34包括SEQINNo.283~285所示的引物;引物组合35包括SEQINNo.239~240所示的引物;引物组合36包括SEQINNo.34~36所示的引物;引物组合37包括SEQINNo.253~255所示的引物;引物组合38包括SEQINNo.70~72所示的引物;引物组合39包括SEQINNo.109~111所示的引物;引物组合40包括SEQINNo.115~117所示的引物;引物组合41包括SEQINNo.205~207所示的引物;引物组合42包括SEQINNo.43~45所示的引物;引物组合43包括SEQINNo.4~6所示的引物;引物组合44包括SEQINNo.178~180所示的引物;引物组合45包括SEQINNo.256~258所示的引物;引物组合46包括SEQINNo.259~261所示的引物;引物组合47包括SEQINNo.187~189所示的引物;引物组合48包括SEQINNo.1~3所示的引物;引物组合49包括SEQINNo.106~108所示的引物;引物组合50包括SEQINNo.58~60所示的引物;引物组合51包括SEQINNo.61~63所示的引物;引物组合52包括SEQINNo.121~123所示的引物;引物组合53包括SEQINNo.82~84所示的引物;引物组合54包括SEQINNo.97~99所示的引物;引物组合55包括SEQINNo.166~168所示的引物;引物组合56包括SEQINNo.172~174所示的引物;引物组合57包括SEQINNo.88~90所示的引物;引物组合58包括SEQINNo.46~48所示的引物;引物组合59包括SEQINNo.262~264所示的引物;引物组合60包括SEQINNo.208~210所示的引物;引物组合61包括SEQINNo.151~153所示的引物;引物组合62包括SEQINNo.118~120所示的引物;引物组合63包括SEQINNo.55~57所示的引物;引物组合64包括SEQINNo.31~33所示的引物;引物组合65包括SEQINNo.160~162所示的引物;引物组合66包括SEQINNo.67~69所示的引物;引物组合67包括SEQINNo.76~78所示的引物;引物组合68包括SEQINNo.148~150所示的引物;引物组合69包括SEQINNo.139~141所示的引物;引物组合70包括SEQINNo.19~21所示的引物;引物组合71包括SEQINNo.145~147所示的引物;引物组合72包括SEQINNo.40~42所示的引物;引物组合73包括SEQINNo.133~135所示的引物;引物组合74包括SEQINNo.169~171所示的引物;引物组合75包括SEQINNo.265~267所示的引物;引物组合76包括SEQINNo.100~102所示的引物;引物组合77包括SEQINNo.112~114所示的引物;引物组合78包括SEQINNo.223~225所示的引物;引物组合79包括SEQINNo.136~138所示的引物;引物组合80包括SEQINNo.268~270所示的引物;引物组合81包括SEQINNo.271~273所示的引物;引物组合82包括SEQINNo.103~105所示的引物;引物组合83包括SEQINNo.28~30所示的引物;引物组合84包括SEQINNo.217~219所示的引物;引物组合85包括SEQINNo.184~186所示的引物;引物组合86包括SEQINNo.190~192所示的引物;引物组合87包括SEQINNo.85~87所示的引物;引物组合88包括SEQINNo.274~276所示的引物;引物组合89包括SEQINNo.277~279所示的引物;引物组合90包括SEQINNo.202~204所示的引物;引物组合91包括SEQINNo.7~9所示的引物;引物组合92包括SEQINNo.22~24所示的引物;引物组合93包括SEQINNo.25~27所示的引物;引物组合94包括SEQINNo.91~93所示的引物;引物组合95包括SEQINNo.280~282所示的引物;引物组合96包括SEQINNo.181~183所示的引物。进一步地,本发明实施例还提供一种用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的试剂盒,其包括上述96中引物组合具体如上,在此不再赘述。进一步地,本发明实施例还提供上述引物组在监控DBA近交系小鼠遗传质量中的应用。在本发明实施例中,该应用包括:采用KASP法用引物组对待侧样品进行PCR扩增。具体地,KASP法的反应体系为:待测小鼠5~50ngμLDNA0.8μL、2×KASPMasterMix0.778μL、KASPPrimermix0.022μL。其中,KASPPrimermix为上述引物组合1~引物组合96中的任意一种引物组合。KASP法是指竞争性等位基因特异性PCRKompetiticeAlleleSpecificPCR以高灵敏度的荧光检测为基础,对目标SNPs进行精准的双等位基因分型。与传统Taqman技术不同的是,此种方法无需对靶点即特异性引物探针进行标记,不需要根据每个SNP位点合成特异的荧光引物,其独特的ARMPCR原理,让所有的位点检测最终都使用通用荧光引物扩增。在监控DBA近交系小鼠的遗传质量的时候,每一次都通过高通量基因组测序,会耗费大量的成本和人力,不利于长期实施。而本实施例提供以梯度性检测SNP位点的方式实现DBA体系的检测,以最低成本的方式实现检测目的,且操作者可以根据实际不同的需要,选择性地根据本发明提供的SNP位点对待测小鼠的品系进行基因型的确认,以能够低成本的方式快速精准地达到检测结果。具体地,KASP的反应程序为:94℃预变性15min,94℃变性20s,61℃~55℃复性延伸60s-0.6℃循环,10个循环;94℃变性20s,55℃复性60s,26~32个循环;或:94℃预变性15min,94℃变性20s,68℃~62℃复性延伸60s-0.6℃循环,10个循环;94℃变性20s,62℃复性60s,26~32个循环。本发明实施例提供的优化后的检测条件,能有效匹配本发明实施例提供的SNP位点组合,以提高检测效果和更高的分型成功率,避免或减少出现分型失败或无扩展等问题。本发明具有以下有益效果:本发明实施例提供了一种用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法,其包括检测待测小鼠的特异性SNP位点的基因型,以快速高效地从相关近交品系中快速鉴定出DBA品系,从而快速高效地将DBA品系与其他品系的遗传信息有效区分,实现遗传质量监控中杂交品系溯源的检测需求,该方法具有能够采用低成本监控DBA近交系小鼠遗传质量的优点。此外,本发明实施例还提供一种了用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的引物组以及用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的试剂盒,该引物组能够有效扩增用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的特异性SNP位点,以达到快速鉴定DBA小鼠及其相关品系的检测目的。附图说明为了更清楚地说明本发明实施例的技术方案,下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍,应当理解,以下附图仅示出了本发明的某些实施例,因此不应被看作是对范围的限定,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附图获得其他相关的附图。图1为本发明对比例1提供的SNP位点rs3715125的检测结果;图2为本发明对比例1提供的SNP位点rs3715125杂合小鼠的检测结果;图3为本发明对比例2提供的SNP位点rs3708285的检测结果;图4为本发明对比例2提供的SNP位点rs3708285杂合小鼠的检测结果。具体实施方式为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚,下面将对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述。实施例中未注明具体条件者,按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者,均为可以通过市售购买获得的常规产品。以下结合实施例对本发明的特征和性能作进一步的详细描述。实施例1用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法。其包括采用引物检测如表5所示的96个SNP位点。表596个SNP位点检测96个SNP位点的引物组合1~引物组合96的序列具体如表6所示。表6引物组合的序列具体地,采用KASP法用引物组对待侧样品进行PCR扩增。KASP法的反应体系为:待测小鼠25ngμLDNA0.8μL、2×KASPMasterMix0.778μL、KASPPrimermix0.022μL。其中,KASPPrimermix为上述引物组合1~引物组合96中的任意组合。检测过程中,可以加入5%的Mastermix体积的DMSO,或加0.63%Mastermix体积的Mg2+。具体地,上述引物组合1~引物组合96对应的反应条件如表7所示:表7引物组合的优化后的检测条件使用IntelliQube荧光检测进行读数,使用IntelliScore进行PCR后的数据分析,自动导出基因型进行分析。需要说明的是,针对用于检测如下SNP位点:rs3023100、rs3688321、rs3726373、rs4221957和rs4229720,本发明实施例还提供了备用引物以验证检测结果,备用引物的具体情况请参照表8。表8备用引物实施例2实施例1提供的方法对DBA近交系小鼠分型测试。采用实施例1提供的方法对DBA小鼠进行分型,使用IntelliQube荧光检测进行读数,使用IntelliScore进行PCR后的数据分析,自动导出基因型进行分析。以AJNju小鼠作为对照品系,使用上述96个位点和引物测试DBA的基因分型,请参照表9。表9AJNju作为对照的DBA引物测试结果由表9可知,DBA在上述96个位点与NCBI上登记的位点信息全部一致,其中特异性位点与对照品系AJNju小鼠存在明显的差别,因此,本发明实施例1提供的方法能够用于监控DBA品系小鼠的遗传质量。对比例1验证实施例1提供的方法对DBA小鼠进行SNP分型的鉴定效果。选取DBA品系不同小鼠个体共两组组N000219,样品号:149-160;组N000016,样品号:161-164,采用实施例1提供的方法进行SNP位点检测和基因型分析,查看样本小鼠遗传质量情况。对照设置一组对照例,对照例中设置的96个SNP位点同本申请的SNP位点选择方法相同,SNP位点都为均匀分布于各个染色体上的位点,具体请参照表10。表10对照例的SNP位点测试结果显示,检测对照例提供的96个位点不能检测DBA的遗传背景,无法将DBA从8个品系中分型出来。而对于实施例1提供的方法,2组测试样品中测试均包括有全部实施例1提供的SNP组合,且全部SNP位点检测结果显示测试样品均为DBA纯合背景,符合预期测试结果;因此,实施例1提供的方法能够对DBA小鼠进行SNP分型。对比例2验证实施例1提供的优化后的引物测试条件。实验方法采用实施例1提供的方法针对SNP位点rs3715125,请参照表11,对DBA1纯合小鼠、Balbc纯合小鼠、BALBc和DBA1二者杂交后代的检测,在对比例中,优化前退火温度为55~61摄氏度,比较该SNP位点优化前后实验结果,实验结果请参照附图1和附图2。表11rs3715125位点的基因型由附图1~2可知,温度区间调整为62~68℃,测试结果有显著改善,能明确分离阴性对照黑色样品点,信号均小于0.10,Hex阳性纯合X:小于0.10,Y:大于0.35,检测碱基:A,Fam阳性纯合X:大于0.35,Y:小于0.10,检测碱基:G;结结论:优化后,该引物及测试条件可以满足这一检测位点的测试要求。对比例3验证实施例1提供的优化后的引物测试条件。实验方法采用实施例1提供的方法针对SNP位点rs3708285,请参照表12,对DBA1纯合小鼠、Balbc纯合小鼠、BALBc和DBA1二者杂交后代的检测,通过对该位点AG的检测,比较SNP位点优化前后的测试结果。需要说明的是,在对比例中,第二次退火温度为55~61摄氏度,实验结果请参照附图3和附图4。表12rs3715125位点的基因型由附图3可知,温度区间调整为62-68℃,测试结果有显著改善,能明确分离阴性对照X:小于0.10,Y:小于0.10,,Hex阳性纯合X:小于0.15,Y:大于0.30,检测碱基:G,Fam阳性纯合X:大于0.30,Y:小于0.10,检测碱基:A;结果符合仪器的信号检出限为0.15的要求;在此测试条件下,来自Balbc与DBA1两近交系杂合小鼠的多个样品,在这一SNP位点rs3708285可被鉴定出杂合遗传背景图4,样本点群落,坐标:X:0.25,Y:0.25附近。结论:优化后,该引物及测试条件可以满足这一检测位点的测试要求。综上,本发明实施例提供了一种用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法,其包括检测待测小鼠的特异性SNP位点的基因型,以快速高效地从8个相关近交品系中快速鉴定出DBA品系,从而快速高效地将DBA品系与其他品系的遗传信息有效区分,实现遗传质量监控中杂交品系溯源的检测需求,该方法具有能够采用低成本监控DBA近交系小鼠遗传质量的优点。此外,本发明实施例还提供一种了用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的引物组以及用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的试剂盒,该引物组能够有效扩增用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的特异性SNP位点,以达到快速鉴定DBA小鼠及其相关品系的检测目的。以上所述仅为本发明的优选实施例而已,并不用于限制本发明,对于本领域的技术人员来说,本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。SEQUENCELISTING江苏集萃药康生物科技有限公司用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法、引物组及其应用288PatentInversion3.5144DNA人工序列1gaaggtgaccaagttcatgctcatgaccaatttggatgcctttt44244DNA人工序列2gaaggtcggagtcaacggattcatgaccaatttggatgccttta44325DNA人工序列3ggtgatctgaaatatctgcttcagt25446DNA人工序列4gaaggtgaccaagttcatgcttgtcattttacactgcaacatgaac46546DNA人工序列5gaaggtcggagtcaacggatttgtcattttacactgcaacatgaaa46625DNA人工序列6gttcttagctttaattttacctcca25742DNA人工序列7gaaggtgaccaagttcatgctttcaccaggatcagtgtcccc42842DNA人工序列8gaaggtcggagtcaacggattttcaccaggatcagtgtccct42922DNA人工序列9gcctggacaagatgaagaaccc221047DNA人工序列10gaaggtgaccaagttcatgctcacacagattttcactataatcccag471147DNA人工序列11gaaggtcggagtcaacggattcacacagattttcactataatcccac471224DNA人工序列12ttaaagtcacatgaagaaagtcca241342DNA人工序列13gaaggtgaccaagttcatgctcaatgaacttggacagttgcg421443DNA人工序列14gaaggtcggagtcaacggattgcaatgaacttggacagttgct431521DNA人工序列15taagagggaagatgcccacca211642DNA人工序列16gaaggtgaccaagttcatgcttgggctgctatctggaagaca421742DNA人工序列17gaaggtcggagtcaacggatttgggctgctatctggaagacg421824DNA人工序列18gctgcctcctaacaaggaaaggaa241945DNA人工序列19gaaggtgaccaagttcatgctgctcagcagaagaattacatggaa452045DNA人工序列20gaaggtcggagtcaacggattgctcagcagaagaattacatggac452121DNA人工序列21gtcccagccagtagctccttt212243DNA人工序列22gaaggtgaccaagttcatgctcaaggtccccaagtactgaggt432342DNA人工序列23gaaggtcggagtcaacggattaaggtccccaagtactgaggc422421DNA人工序列24gtggagaaataggacggtggg212540DNA人工序列25gaaggtgaccaagttcatgctcccagaccttcggaggaag402641DNA人工序列26gaaggtcggagtcaacggattccccagaccttcggaggaaa412723DNA人工序列27gctgaagacgttacttctgtccc232844DNA人工序列28gaaggtgaccaagttcatgcttgtgcttcctttgagcaacacta442944DNA人工序列29gaaggtcggagtcaacggatttgtgcttcctttgagcaacactg443025DNA人工序列30gaaactgtgtaaatccctctgctct253144DNA人工序列31gaaggtgaccaagttcatgctcttgattgaatttccaataatgg443244DNA人工序列32gaaggtcggagtcaacggattcttgattgaatttccaataatgc443323DNA人工序列33ctttcaacatgaagtcattgcta233442DNA人工序列34gaaggtgaccaagttcatgcttcccataccaccctctgcctg423542DNA人工序列35gaaggtcggagtcaacggatttcccataccaccctctgccta423625DNA人工序列36actgagagtgctgaccttgtctgta253742DNA人工序列37gaaggtgaccaagttcatgctctgtacaaagcggggttctcc423842DNA人工序列38gaaggtcggagtcaacggattctgtacaaagcggggttctct423921DNA人工序列39gtagaaacaaggggagcaggg214044DNA人工序列40gaaggtgaccaagttcatgctcatgtttttgctgcatttcctta444144DNA人工序列41gaaggtcggagtcaacggattcatgtttttgctgcatttccttt444225DNA人工序列42ttctttcaacttagattttactggc254345DNA人工序列43gaaggtgaccaagttcatgctcccaaaggtcaggacattcaatag454445DNA人工序列44gaaggtcggagtcaacggattcccaaaggtcaggacattcaataa454525DNA人工序列45aaaagagaagtcagtgttttcatac254643DNA人工序列46gaaggtgaccaagttcatgctagctgagacctgtgtgaactga434743DNA人工序列47gaaggtcggagtcaacggattagctgagacctgtgtgaactgg434825DNA人工序列48atctgctctcattgtaaatcttccc254943DNA人工序列49gaaggtgaccaagttcatgcttcagagatgggctatctgcaca435043DNA人工序列50gaaggtcggagtcaacggatttcagagatgggctatctgcacg435121DNA人工序列51agtcttgtcagcccctcagtg215247DNA人工序列52gaaggtgaccaagttcatgctctgatgctaattattttaactgtgcc475347DNA人工序列53gaaggtcggagtcaacggattctgatgctaattattttaactgtgct475421DNA人工序列54accacagccaaagaatccaca215548DNA人工序列55gaaggtgaccaagttcatgctcttatagttctatttgctgaatgcaat485648DNA人工序列56gaaggtcggagtcaacggattcttatagttctatttgctgaatgcaag485726DNA人工序列57gaaagaactatatttctccagaacag265842DNA人工序列58gaaggtgaccaagttcatgctcccagctttcccacaagaaca425941DNA人工序列59gaaggtcggagtcaacggattccagctttcccacaagaacc416020DNA人工序列60caggcttcatgccctcactt206146DNA人工序列61gaaggtgaccaagttcatgctatacttcaaaccccatttatgcttc466246DNA人工序列62gaaggtcggagtcaacggattatacttcaaaccccatttatgctta466324DNA人工序列63tggagtgtaggtatggcagtgaga246448DNA人工序列64gaaggtgaccaagttcatgctgataagaaacttcactccattggtttt486548DNA人工序列65gaaggtcggagtcaacggattgataagaaacttcactccattggtttg486625DNA人工序列66gccagtgtctcacctcctctcatag256746DNA人工序列67gaaggtgaccaagttcatgctggtctttacccgttgaagagaagac466846DNA人工序列68gaaggtcggagtcaacggattggtctttacccgttgaagagaagaa466922DNA人工序列69ccggtggtcagtgctttcttaa227048DNA人工序列70gaaggtgaccaagttcatgctgtgtgattatcaaacattcagaaggat487148DNA人工序列71gaaggtcggagtcaacggattgtgtgattatcaaacattcagaaggaa487222DNA人工序列72ccatagtgtgtgcttgctgtcc227344DNA人工序列73gaaggtgaccaagttcatgcttgtagggcagttcatgttaccaa447445DNA人工序列74gaaggtcggagtcaacggattttgtagggcagttcatgttaccag457523DNA人工序列75gcaatactcaggtggacagaagc237642DNA人工序列76gaaggtgaccaagttcatgctaagggacaggctctggaatgg427742DNA人工序列77gaaggtcggagtcaacggattaagggacaggctctggaatga427824DNA人工序列78acagatggtgtcttagggaggagt247942DNA人工序列79gaaggtgaccaagttcatgctacttccgttttccctctgcac428041DNA人工序列80gaaggtcggagtcaacggattcttccgttttccctctgcaa418125DNA人工序列81atgtagtgctgtggcataggattag258244DNA人工序列82gaaggtgaccaagttcatgctgagacagccaagatggtttctcc448344DNA人工序列83gaaggtcggagtcaacggattgagacagccaagatggtttctct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权利要求:1.一种用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法,其特征在于,其包括检测待测小鼠的如下SNP位点的基因型:rs3023100、rs3688321、rs3726373、rs4221957和rs4229720;如果上述5个SNP位点的基因型如下表中所示,则待测小鼠为DBA品系:SNP位点基因型rs3023100TTrs3688321AArs3726373CCrs4221957TTrs4229720AA。2.根据权利要求1所述的用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法,其特征在于,所述方法还包括检测如下SNP位点中任意一个或多个SNP位点的基因型:rs3672565、rs3687255、rs3705913、rs3706767、rs3725703、rs3653863、rs3699591、rs3157180、rs3672701、rs3693721、rs3702010、rs3723733和rs4229615。3.根据权利要求2所述的用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法,其特征在于,所述方法还包括检测如下SNP位点中任意一个或多个SNP位点的基因型:rs4193065、rs3708285、rs4222623、rs3715125、rs3707414、rs3702501、rs3718133、rs3685257、rs3722801、rs4136902、rs3707104、rs3090019、rs4231663、rs3707114、rs4232012、rs3695591、rs3723498、rs3685081、rs3022887、rs3023067、rs3023205、rs3023617、rs3023727、rs3023981、rs3024048、rs3655019、rs3656494、rs3658667、rs3660290、rs3661835、rs3663821、rs3664298、rs3665335、rs3665690、rs3666902、rs3667255、rs3667493、rs3669009、rs3672290、rs3674386、rs3676680、rs3677240、rs3677704、rs3679358、rs3679924、rs3680834、rs3681143、rs3681171、rs3683775、rs3684371、rs3688569、rs3689602、rs3689696、rs3689878、rs3691185、rs3692326、rs3692583、rs3693131、rs3699358、rs3704084、rs3705233、rs3707668、rs3709255、rs3709913、rs3710327、rs3714233、rs3720676、rs3724474、rs4137562、rs4140148、rs4173519、rs4216475、rs4222507、rs4223268、rs4223499、rs4226866、rs4230248以及rs4230609。4.一种用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的引物组,其特征在于,其包括引物组合1~引物组合5;所述引物组合1~引物组合5分别用于检测如下SNP位点的基因型:rs3023100、rs3688321、rs3726373、rs4221957和rs4229720;优选地,引物组合1包括SEQIDNo.79~81所示的引物;引物组合2包括SEQIDNo.94~96所示的引物;引物组合3包括SEQIDNo.142~144所示的引物;引物组合4包括SEQIDNo.37~39所示的引物;引物组合5包括SEQIDNo.163~165所示的引物。5.根据权利要求4所述的引物组,其特征在于,所述引物组还包括引物组合6~引物组合18;所述引物组合6~引物组合18分别用于检测如下SNP位点的基因型:rs3672565、rs3687255、rs3705913、rs3706767、rs3725703、rs3653863、rs3699591、rs3157180、rs3672701、rs3693721、rs3702010、rs3723733和rs4229615;优选地,引物组合6包括SEQIDNo.241~243所示的引物;引物组合7包括SEQIDNo.244~246所示的引物;引物组合8包括SEQIDNo.247~249所示的引物;引物组合9包括SEQIDNo.286~288所示的引物;引物组合10包括SEQIDNo.229~231所示的引物;引物组合11包括SEQIDNo.232~234所示的引物;引物组合12包括SEQIDNo.250~252所示的引物;引物组合13包括SEQIDNo.235~237所示的引物;引物组合14包括SEQIDNo.13~15所示的引物;引物组合15包括SEQIDNo.127~129所示的引物;引物组合16包括SEQIDNo.124~126所示的引物;引物组合17包括SEQIDNo.130~132所示的引物;引物组合18包括SEQIDNo.157~159所示的引物。6.根据权利要求5所述的引物组,其特征在于,所述引物组还包括引物组合19~引物组合96;所述引物组合19~引物组合96分别用于检测如下SNP位点的基因型:rs4193065、rs3708285、rs4222623、rs3715125、rs3707414、rs3702501、rs3718133、rs3685257、rs3722801、rs4136902、rs3707104、rs3090019、rs4231663、rs3707114、rs4232012、rs3695591、rs3723498、rs3685081、rs3022887、rs3023067、rs3023205、rs3023617、rs3023727、rs3023981、rs3024048、rs3655019、rs3656494、rs3658667、rs3660290、rs3661835、rs3663821、rs3664298、rs3665335、rs3665690、rs3666902、rs3667255、rs3667493、rs3669009、rs3672290、rs3674386、rs3676680、rs3677240、rs3677704、rs3679358、rs3679924、rs3680834、rs3681143、rs3681171、rs3683775、rs3684371、rs3688569、rs3689602、rs3689696、rs3689878、rs3691185、rs3692326、rs3692583、rs3693131、rs3699358、rs3704084、rs3705233、rs3707668、rs3709255、rs3709913、rs3710327、rs3714233、rs3720676、rs3724474、rs4137562、rs4140148、rs4173519、rs4216475、rs4222507、rs4223268、rs4223499、rs4226866、rs4230248以及rs4230609;优选地,引物组合19包括SEQINNo.199~201所示的引物;引物组合20包括SEQINNo.49~51所示的引物;引物组合21包括SEQINNo.10~12所示的引物;引物组合22包括SEQINNo.16~18所示的引物;引物组合23包括SEQINNo.154~156所示的引物;引物组合24包括SEQINNo.175~177所示的引物;引物组合25包括SEQINNo.220~222所示的引物;引物组合26包括SEQINNo.52~54所示的引物;引物组合27包括SEQINNo.64~66所示的引物;引物组合28包括SEQINNo.73~75所示的引物;引物组合29包括SEQINNo.193~195所示的引物;引物组合30包括SEQINNo.196~198所示的引物;引物组合31包括SEQINNo.211~213所示的引物;引物组合32包括SEQINNo.214~216所示的引物;引物组合33包括SEQINNo.226~228所示的引物;引物组合34包括SEQINNo.283~285所示的引物;引物组合35包括SEQINNo.239~240所示的引物;引物组合36包括SEQINNo.34~36所示的引物;引物组合37包括SEQINNo.253~255所示的引物;引物组合38包括SEQINNo.70~72所示的引物;引物组合39包括SEQINNo.109~111所示的引物;引物组合40包括SEQINNo.115~117所示的引物;引物组合41包括SEQINNo.205~207所示的引物;引物组合42包括SEQINNo.43~45所示的引物;引物组合43包括SEQINNo.4~6所示的引物;引物组合44包括SEQINNo.178~180所示的引物;引物组合45包括SEQINNo.256~258所示的引物;引物组合46包括SEQINNo.259~261所示的引物;引物组合47包括SEQINNo.187~189所示的引物;引物组合48包括SEQINNo.1~3所示的引物;引物组合49包括SEQINNo.106~108所示的引物;引物组合50包括SEQINNo.58~60所示的引物;引物组合51包括SEQINNo.61~63所示的引物;引物组合52包括SEQINNo.121~123所示的引物;引物组合53包括SEQINNo.82~84所示的引物;引物组合54包括SEQINNo.97~99所示的引物;引物组合55包括SEQINNo.166~168所示的引物;引物组合56包括SEQINNo.172~174所示的引物;引物组合57包括SEQINNo.88~90所示的引物;引物组合58包括SEQINNo.46~48所示的引物;引物组合59包括SEQINNo.262~264所示的引物;引物组合60包括SEQINNo.208~210所示的引物;引物组合61包括SEQINNo.151~153所示的引物;引物组合62包括SEQINNo.118~120所示的引物;引物组合63包括SEQINNo.55~57所示的引物;引物组合64包括SEQINNo.31~33所示的引物;引物组合65包括SEQINNo.160~162所示的引物;引物组合66包括SEQINNo.67~69所示的引物;引物组合67包括SEQINNo.76~78所示的引物;引物组合68包括SEQINNo.148~150所示的引物;引物组合69包括SEQINNo.139~141所示的引物;引物组合70包括SEQINNo.19~21所示的引物;引物组合71包括SEQINNo.145~147所示的引物;引物组合72包括SEQINNo.40~42所示的引物;引物组合73包括SEQINNo.133~135所示的引物;引物组合74包括SEQINNo.169~171所示的引物;引物组合75包括SEQINNo.265~267所示的引物;引物组合76包括SEQINNo.100~102所示的引物;引物组合77包括SEQINNo.112~114所示的引物;引物组合78包括SEQINNo.223~225所示的引物;引物组合79包括SEQINNo.136~138所示的引物;引物组合80包括SEQINNo.268~270所示的引物;引物组合81包括SEQINNo.271~273所示的引物;引物组合82包括SEQINNo.103~105所示的引物;引物组合83包括SEQINNo.28~30所示的引物;引物组合84包括SEQINNo.217~219所示的引物;引物组合85包括SEQINNo.184~186所示的引物;引物组合86包括SEQINNo.190~192所示的引物;引物组合87包括SEQINNo.85~87所示的引物;引物组合88包括SEQINNo.274~276所示的引物;引物组合89包括SEQINNo.277~279所示的引物;引物组合90包括SEQINNo.202~204所示的引物;引物组合91包括SEQINNo.7~9所示的引物;引物组合92包括SEQINNo.22~24所示的引物;引物组合93包括SEQINNo.25~27所示的引物;引物组合94包括SEQINNo.91~93所示的引物;引物组合95包括SEQINNo.280~282所示的引物;引物组合96包括SEQINNo.181~183所示的引物。7.一种用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的试剂盒,其特征在于,其包括有如权利要求4~6任一项所述的引物组。8.如权利要求4~6任一项所述的引物组在监控DBA近交系小鼠遗传质量中的应用。9.根据权利要求8所述的应用,其特征在于,所述应用包括:采用KASP法用引物组分别对待测样品进行PCR扩增。10.根据权利要求9所述的应用,其特征在于,PCR扩增的程序为:94℃预变性15min,94℃变性20s,61℃~55℃复性延伸60s,10个循环,每个循环降低0.6度;94℃变性20s,55℃复性60s,26~32个循环;或:94℃预变性15min,94℃变性20s,68℃~62℃复性延伸60s,10个循环,每个循环降低0.6度;94℃变性20s,62℃复性60s,26~32个循环。

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