恭喜苏州予路乾行生物科技有限公司郑铮获国家专利权
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龙图腾网恭喜苏州予路乾行生物科技有限公司申请的专利一种药物分子的溶剂化自由能计算方法及系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119108052B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-05-06发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411123299.X,技术领域涉及:G16C20/50;该发明授权一种药物分子的溶剂化自由能计算方法及系统是由郑铮;刘昊;刘振豪设计研发完成,并于2024-08-15向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种药物分子的溶剂化自由能计算方法及系统在说明书摘要公布了:本发明涉及计算机辅助药物设计技术领域,具体涉及一种药物分子的溶剂化自由能计算方法及系统;本发明通过计算每个溶质原子与水分子之间的非键相互作用来评估溶质‑溶剂在原子水平上的相互作用,为提高运算速度,在溶质分子外构建向外延展的水溶剂层,并通过计算溶质分子中每个原子与溶剂层之间的作用能量来预测溶质分子的溶剂化自由能,实现对药物分子的溶解过程的自由能的精确模拟。
本发明授权一种药物分子的溶剂化自由能计算方法及系统在权利要求书中公布了:1.一种药物分子的溶剂化自由能计算方法,其特征在于,包括:将药物分子和水模拟为溶质分子和溶剂层,连续的溶剂层均匀分布在溶质分子外;通过水分子的最大横截面积与每层溶剂层的溶剂分子可及表面积计算每层溶剂层的水分子数量;基于计算每层溶剂层的水分子数量,在每个溶剂层中采用TIP3P模型构建水分子模型,采用Amber力场计算溶质分子中每个原子与水分子中的三个原子之间的相互作用势能,再计算每层溶剂层中的水分子中的三个原子与溶质分子中每个原子之间的相互作用势能;根据每层溶剂层中的水分子中的三个原子与溶质分子中每个原子之间的相互作用势能生成每层溶剂层水分子与溶质原子相互作用的局部配分函数,得到每层溶剂层水分子与溶质原子相互作用的配分函数,再计算每层溶剂层对于所有溶质原子相互作用的总配分函数,得到溶质-溶剂配分函数;根据溶质-溶剂配分函数与自由能的数学关系计算由溶质-溶剂相互作用引起的自由能变化;所述采用Amber力场计算溶质分子中每个原子与水分子中的三个原子之间的相互作用势能,再计算每层溶剂层中的水分子中的三个原子与溶质分子中每个原子之间的相互作用势能包括:采用下式计算溶质分子中每个原子与水分子中的三个原子之间的相互作用势能: 其中,AO-i为氧原子O与溶质原子i的排斥力系数,AH1-i为氢原子H1与溶质原子i的排斥力系数,AH2-i为另一氢原子H2与溶质原子i的排斥力系数;BO-i为氧原子O与溶质原子i的吸引力系数,BH1-i为氢原子H1与溶质原子i的吸引力系数,BH2-i为另一氢原子H2与溶质原子i的吸引力系数;rO-i为氧原子O与溶质原子i的距离,rH1-i为氢原子H1与溶质原子i的距离,rH2-i为氢原子H2与溶质原子i的距离;qO为氧原子O的电荷,qi为溶质原子i的电荷,qH1为氢原子H1的电荷,qH2为另一氢原子H2的电荷;为氧原子O与溶质原子i之间的相互作用势能,为氢原子H1与溶质原子i之间的相互作用势能,为另一氢原子H2与溶质原子i之间的相互作用势能;将溶剂层中所有水分子中的三个原子与溶质分子中每个原子之间的相互作用势能进行相加,得到每层溶剂层中的水分子中的三个原子与溶质分子中每个原子之间的相互作用势能。
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