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龙图腾网恭喜微观纪元(合肥)量子科技有限公司申请的专利酶反应中间态复合物自动化分子动力学模拟方法及系统获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN119724381B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-05-06发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202510238211.7，技术领域涉及：G16C10/00；该发明授权酶反应中间态复合物自动化分子动力学模拟方法及系统是由徐敏捷;蒲中机;管佳明;来关学;耿威;吕川设计研发完成，并于2025-03-03向国家知识产权局提交的专利申请。

本酶反应中间态复合物自动化分子动力学模拟方法及系统在说明书摘要公布了：本公开涉及一种酶反应中间态复合物自动化分子动力学模拟方法及系统，该方法包括：获取包含P450酶的蛋白配体结构文件，解析得到血红素结构文件、普通配体结构文件以及纯蛋白结构文件并进行预处理；基于获取的突变设置文件对纯蛋白结构文件进行突变，并进行第二次预处理；基于量子力学QM计算结果文件，修改纯蛋白结构文件以及血红素结构文件，得到中间态纯蛋白结构文件和中间态血红素结构文件，基于中间态纯蛋白结构文件、中间态血红素结构文件和普通配体结构文件组装得到分子动力学模拟输入文件；构建分子动力学模拟流程并生成自动化脚本；运行自动化脚本得到运算结果文件；读取运算结果文件，计算目标参数并进行可视化展示。

本发明授权酶反应中间态复合物自动化分子动力学模拟方法及系统在权利要求书中公布了：1.一种酶反应中间态复合物自动化分子动力学模拟方法，其特征在于，所述方法包括：获取输入的包含P450酶的蛋白配体结构文件，解析所述蛋白配体结构文件得到血红素结构文件、普通配体结构文件以及P450酶的纯蛋白结构文件；分别对纯蛋白结构文件、血红素结构文件和普通配体结构文件进行预处理；获取突变设置文件，基于突变设置文件对预处理后的纯蛋白结构文件中的指定位点进行突变，并对突变后的纯蛋白结构文件进行第二次预处理；基于预置的量子力学QM计算结果文件，将第二次预处理后的纯蛋白结构文件中第400位的CYS残基中名称为HG的氢原子删去，以匹配所述QM计算结果文件的CPDI态的实际情况，并将删去氢原子的CYS残基重命名为CYM，得到中间态纯蛋白结构文件；基于预置的所述QM计算结果文件，匹配预处理后的血红素结构文件中的原子名称，按照所述QM计算结果文件中原子排序修改预处理后的血红素结构文件中原子顺序，增加预处理后的血红素结构文件中与所述QM计算结果文件的CPDI态对应的O1原子，并将该O1原子与预处理后的血红素结构文件中的二价高自旋态的铁原子构建连接关系，得到中间态血红素结构文件；基于中间态纯蛋白结构文件、中间态血红素结构文件和预处理后的普通配体结构文件组装得到包含中间态复合物结构的分子动力学模拟输入文件；生成用于分子动力学模拟的约束文件和索引文件，构建分子动力学模拟流程并生成自动化脚本；运行所述自动化脚本执行针对所述输入文件的分子动力学模拟运算得到运算结果文件；读取运算结果文件，计算目标参数并进行可视化展示。

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