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龙图腾网恭喜南京农业大学申请的专利一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN114783519B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-03-25发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202210596596.0，技术领域涉及：G16B30/10；该发明授权一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法是由江高飞;韦中;张耀中;徐阳春;沈其荣设计研发完成，并于2022-05-30向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法在说明书摘要公布了：本发明公开了一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法，其主要包括：1构建基因集与蛋白质集；2蛋白质集比对SARG数据库后抽取比对上的序列构建ARGs物种溯源库用于耐药基因溯源分析；3基因集构建个性化物种数据库，用于宏基因组微生物丰度计算；4收集致病菌物种信息构建致病菌物种数据库，获取样本中致病菌丰度5计算生物复合污染指数。本发明本发明实现了耐药基因溯源，可以轻松追踪致病菌携带的耐药基因的情况，同时还重新整合了公共数据库中的致病菌物种并构建致病菌数据库用于分析结果中致病菌信息提取，提出新型的土壤生物复合污染计算方法，为复合污染量化计算提供参考依据。

本发明授权一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法在权利要求书中公布了：1.一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法，其特征在于包括以下步骤：步骤一、构建基因集与蛋白质集；具体如下：步骤1：收集公共数据库中10w+细菌参考基因组编码蛋白序列；步骤2：使用cd-hit软件对所述编码蛋白序列进行物种水平去冗余，构建基因集；步骤3：使用Prodigal软件对所述基因集进行蛋白质预测，构建对应的物种蛋白质集；步骤二、蛋白质集比对SARG数据库后抽取比对上的序列构建ARGs物种溯源库用于耐药基因溯源分析；具体如下：将蛋白质集与SARG数据库进行blastp比对，抽提比对上的序列构建ARGs物种溯源数据库，最终建立耐药基因的ARGs物种溯源库；再使用基于Perl语言对ARGs-OAP软件封装ARGs物种溯源数据库，将宏基因组质控reads输入封装软件实现耐药基因物种溯源注释与定量分析；所述定量分析方法为：ARGs-OAP软件内部已经通过的USEARCH+BLASTX来比对ARGs物种溯源数据库的方式对宏基因组测序reads进行比对和定量，具体来说：所有样品的质控数据使用BLASTX比对ARGs物种溯源数据库，获取抗性基计算每个基因每个样品的reads丰度；最终结果的丰度定量单位为每百万条reads中匹配基因的reads数目；步骤三、基因集构建个性化物种数据库，用于宏基因组微生物丰度计算；具体如下：基于前期构建的基因集建立个性化物种数据库，首先利用Kraken2自身下载数据库的功能，下载taxonomy分类库后使用kraken-build对基因集序列建库，并使用Kraken2重新封装；将宏基因组样本质控数据作为输入，根据Karken2的注释结果，分别在界、门、纲、目、科、属和种水平，统计各样本注释到不同微生物物种的reads序列数目，得到物种注释丰度表格；步骤四、收集致病菌物种信息构建致病菌物种数据库，获取样本中致病菌丰度；基于物种水平构建致病菌物种数据库，并基于致病菌物种信息，快速从物种丰度表及耐药基因物种溯源丰度表中抽取对应的致病菌物种；步骤五、基于致病菌丰度与ARGs丰度计算生物复合污染指数SBI；公式如下： SBIj＝SBIpatho,j+SBIARG,j公式3其中，j表示第j个样品，k表示样品总个数，0jk；i表示注释出的第i个致病菌或耐药基因；Pi,j与ARGi,j分别表示样品j的致病菌i的丰度以及耐药基因的丰度，SBIpatho,j表示样品j的生物复合污染致病菌指数，SBIARG,j表示生物复合污染耐药基因指数，SBIj表示生物复合污染指数；步骤六、完成上述ARGs溯源数据库、个性化物种数据库以及生物复合污染指数计算分析流程的封装与搭建；步骤七、环境样品采集后，对其进行DNA提取建库，采用Illumina测序技术完成环境样品的宏基因组测序，对测序数据进行质控并去除人类基因组污染获取质控数据作为流程输入源；步骤八、将质控数据输入步骤六中封装与搭建的生物复合污染分析流程，获得致病菌丰度与ARGs物种溯源丰度结果，并计算获得生物复合污染指数统计表。

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