恭喜山东大学郭海洋获国家专利权
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龙图腾网恭喜山东大学申请的专利一种高通量组织样本染色质免疫共沉淀合并染色质构象捕获方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116179650B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-02-18发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310080336.2,技术领域涉及:C12Q1/6806;该发明授权一种高通量组织样本染色质免疫共沉淀合并染色质构象捕获方法是由郭海洋;韦钊设计研发完成,并于2023-02-08向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种高通量组织样本染色质免疫共沉淀合并染色质构象捕获方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种高通量组织样本染色质免疫共沉淀合并染色质构象捕获方法,该方法能够在复杂临床组织样本中有效富集染色质构象捕获合并染色质免疫共沉淀步骤后的DNA,提取的DNA足以用于后续文库构建。本发明自主提出采用液氮速冻研磨预处理、组合酶法消化、交联过程中物理破碎等系列处理流程,过程中加入维持细胞活力的小分子药物,从而既能充分解离细胞、去除组织间质,同时最大限度为后续步骤保留组织中活细胞;首创用于“染色质免疫共沉淀合并染色质构象捕获实验”的组织处理技术。本发明不但适用于复杂组织样本,稍加改造后也适用于在体外培养的细胞系中绘制特定蛋白介导的染色质三维互作图谱,并且相比现有类似技术效率提升较大。
本发明授权一种高通量组织样本染色质免疫共沉淀合并染色质构象捕获方法在权利要求书中公布了:1.一种用于非诊断目的高通量组织样本染色质免疫共沉淀合并染色质构象捕获方法,其特征在于,包括以下步骤:(1)组织液氮速冻研磨和酶解利用液氮对组织进行速冻,随后使用酶解溶液酶解,之后使用TrypLE酶解;接着用10mL1%的多聚甲醛交联酶解后的细胞,最后使用Glycine溶液终止交联;步骤(1)中,酶解溶液为100UmlII型胶原酶,20nMROCK抑制剂Y-27632,1×抗菌-抗真菌剂,以上成分溶于1×Hank's平衡盐溶液;酶解条件为37℃下旋转酶解2小时;多聚甲醛交联酶解后的细胞10分钟,过程中使用组织匀浆器1档研磨3次,每次6秒;(2)组织裂解加入染色质构象捕获裂解液,染色质构象捕获裂解液为含50mMHepes–KOHpH7.5、140mMNaCl、1mMEDTA、0.5%IgepalCA-630;0.25%TritonX-100、蛋白酶抑制剂现用现加,旋转裂解50分钟;(3)酶切对组织裂解物使用限制性内切酶MboI酶切;(4)生物素标记和连接向酶切产物中加入biontin-dATP、dCTP、dGTP、dTTP、DNA聚合酶,37℃下标记1小时;再加入连接液,室温下连接4小时;(5)超声超声前一天,抗体与免疫磁珠预先结合,使用超声缓冲液重悬步骤(4)得到的连接产物,超声仪中进行超声;步骤(5)中,抗体与免疫磁珠分别为Protein-A与Protein-G磁珠,超声缓冲液为10mMTris–HCl,pH8;100mMNaCl;1mMEDTA;0.5mMEGTA;0.1%Na–Deoxycholate;0.5%N-lauroylsarcosine;蛋白酶抑制剂现用现加;超声条件为每个循环10秒on+30秒off,重复10个循环,取出超声管摇晃混匀后放回,继续10个循环;(6)染色质免疫共沉淀将步骤(5)中预处理的抗体-磁珠与超声产物混合,4℃下旋转过夜;过夜后分别用清洗缓冲液、碳酸氢铵溶液清洗磁珠;(7)DNA提取使用DNA洗脱液洗脱磁珠上的DNA,然后利用DNA纯化试剂盒提取DNA;(8)生物素亲和以及转座酶切割使用反应缓冲液重悬Streptavidin-C磁珠,并向Streptavidin-C磁珠悬液中加入第(7)步得到的DNA溶液,室温下亲和30分钟;对结合含生物素标记DNA的Streptavidin-C磁珠加入反应缓冲液和Tn5转座酶,55℃下切割10分钟,间隔震荡;(9)文库构建先使用Phusion高保真DNA聚合酶反应液预清洗一遍步骤(8)得到的Streptavidin-C磁珠,使用PCR扩增液,对Streptavidin-C磁珠上的DNA进行扩增,提前设定72℃预热PCR仪,保证反应液迅速升温,PCR扩增程序为:72℃5分钟-98℃1分钟-98℃15秒-63℃30秒-72℃1分钟,9~12个循环;对PCR产物在AgilentTapeStation上进行文库电泳鉴定文库扩增质量;利用PippinDNASizeSelection系统或AmpureXP磁珠筛选200~700bp文库片段。
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