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评估0-6岁儿童肠道菌群发育状态的方法、系统和应用 

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摘要:本发明公开了一种评估0‑6岁儿童肠道菌群发育状态的方法、系统和应用,属于0‑6岁儿童发育评估领域,待评估发育状态包括身高、体重、头围中的一种或几种;所述方法包括以下步骤:获取待预测的目标人群的肠道菌群信息;所述肠道菌群信息包括与相应发育状态显著相关的菌群的相对丰度信息;将肠道菌群信息输入至预先构建的预测评估模型中,得到预测评估模型输出的评估结果。本发明通过孩子肠道菌群预测孩子近远期的身长、体重、头围指标,提供可以参考改善的靶点,能够及时发现未来可能存在的不良发育结果,及时预防改善。

主权项:1.一种评估0-6岁儿童肠道菌群发育状态的方法,其特征在于,待评估发育状态包括身高、体重、头围中的一种或几种;所述方法包括以下步骤:获取待预测的目标人群的肠道菌群信息;所述肠道菌群信息包括与相应发育状态显著相关的菌群的相对丰度信息;将肠道菌群信息输入至预先构建的预测评估模型中,得到预测评估模型输出的评估结果,评估结果包括:相应发育状态的量化结果;其中,预测评估模型为根据筛选出的与待评估发育状态显著相关的相应肠道菌群信息通过线性回归计算获得;预测评估模型的构建方法包括:获取多个区域的若干样品的肠道菌群信息,将肠道菌群信息和临床信息合并建立0-6岁儿童肠道菌群数据库,肠道菌群信息包括菌群在门、科、属水平上的相对丰度信息,临床信息包括年龄和发育状态信息;发育状态信息包括身高、体重、头围中的一种或几种;将发育状态信息进行量化处理;按年龄对数据库中的数据进行分组,按照组内菌群相对丰度高低再次进行分组,以每个菌的相对丰度的平均值为界分为高丰度组和低丰度组,分别计算高丰度组和低丰度组的量化的发育状态信息的均值,比较两组的均值,得到差异倍数,进行显著性分析;选择与临床信息显著相关的菌,设定每个年龄组的随机种子,按比例将数据随机划分为训练集和验证集,将训练集进行线性回归计算,获得菌群与0-6岁儿童临床信息的线性预测模型,通过验证集进行检验;根据随机种子数得到多个线性回归模型,根据得到的多个模型,归纳出模型系数范围,并用平均值作为计算模型系数,获得预测评估模型,根据预测的0-6岁儿童临床信息,评估0-6岁儿童的发育状态;其中,临床信息包括身高或体重或头围;待评估发育状态为身高时,与身高显著相关的菌群包括与年龄相关的如下(1)~(5)的若干菌集合:(1)儿童年龄在0~30天时,与身高显著相关的菌群包括:Alistipes、Bacteroides、Campylobacter、Enterobacter、Ligilactobacillus、Lachnospiraceae_NK4A136_group、Parabacteroides;(2)儿童年龄在31~4个月时,与身高显著相关的菌群包括:X.Eubacterium._ventriosum_group、Bacillus、Barnesiella、Blautia、Cutibacterium、Haematomicrobium、Pseudoxanthomonas、Roseburia、Stenotrophomonas、Tatumella;(3)儿童年龄在5个月~12个月时,与身高显著相关的菌群包括:CAG.56、Dorea、Gemella、Pannonibacter、Peptoniphilus、Prevotella_9、UBA1819、UCG.002;(4)儿童年龄在13个月~36个月时,与身高显著相关的菌群包括:Coprococcus、Flavonifractor、Megasphaera;(5)儿童年龄在37个月~6岁时,与身高显著相关的菌群包括:Anaerosporobacter、Cutibacterium、Enterococcus、Holdemania、Ileibacterium、Latilactobacillus、Levilactobacillus、Occallatibacter、Pediococcus、Rhodoplanes、Rothia、Tumebacillus、unidentified_Erysipelotrichaceae、Weissella;或者,待评估发育状态为体重时,与体重显著相关的菌群包括与年龄相关的如下(i)~(v)的若干菌集合:(i)儿童年龄在0~30天时,与体重显著相关的菌群包括:Bacteroides、Bifidobacterium、Citrobacter、Clostridium_sensu_stricto_1、Corynebacterium、Enterobacter、Epulopiscium、Erysipelotrichaceae_UCG.003、Megamonas;(ii)儿童年龄在31~4个月时,与体重显著相关的菌群包括:X.Eubacterium._ventriosum_group、Ruminococcus._gauvreauii_group、Ruminococcus._torques_group、Achromobacter、Acidovorax、Blautia、Brevundimonas、CAG.56、Cutibacterium、Gordonia、Haematomicrobium、Lachnospira、Myroides、Porphyromonas、Pseudoxanthomonas、Scardovia、Stenotrophomonas、Tatumella、Thermus、UCG.002、unidentified_Chloroplast;(iii)儿童年龄在5个月~12个月时,与体重显著相关的菌群包括:Akkermansia、Alistipes、Atopobium、Butyricimonas、Cutibacterium、Lacticaseibacillus、Limosilactobacillus、Negativicoccus、Paeniclostridium、Parabacteroides、Peptoniphilus;(iv)儿童年龄在13个月~36个月时,与体重显著相关的菌群包括:X.Eubacterium._ruminantium_group、Blautia、Coprococcus、Lachnospira、Sutterella、UBA1819;(v)儿童年龄在37个月~6岁时,与体重显著相关的菌群包括:Acidipila.Silvibacterium、Actinobacillus、Adlercreutzia、Bifidobacterium、Candidatus_Saccharimonas、Catonella、Conexibacter、Dielma、Eggerthella、Enhydrobacter、Faecalitalea、Fusobacterium、Gemella、Granulicella、Holdemania、Ileibacterium、Lachnoanaerobaculum、Lactiplantibacillus、Levilactobacillus、Megamonas、Neisseria、Porphyromonas、Raoultella、Rothia、Senegalimassilia、TM7x、unidentified_Erysipelotrichaceae;或者,待评估发育状态为头围时,与头围显著相关的菌群包括与年龄相关的如下i)~v)的若干菌集合:i)儿童年龄在0~30天时,与头围显著相关的菌群包括:Acinetobacter、Bifidobacterium、Enterobacter、Citrobacter、Lachnospira、Alistipes、Ruminococcus、Proteus;ii)儿童年龄在31天~4个月时,与头围显著相关的菌群包括:Sphingobacterium、Enhydrobacter、UBA1819、Subdoligranulum、Akkermansia、Gemella、Flavonifractor、Sutterella、UCG.002、Dorea、Gardnerella、Ruminococcus.gauvreauii_group;iii)儿童年龄在5个月~36个月时,与头围显著相关的菌群包括:Streptococcus、UBA1819、Parabacteroides、Subdoligranulum、Acidovorax、Dialister、Chryseobacterium、Neisseria、Alistipes、Agathobacter、Campylobacter、Lachnospiraceae_NK4A136_group、X.Eubacterium._eligens_group、Lacticaseibacillus、Butyricimonas、Christensenellaceae_R.7_group、X.Eubacterium._ruminantium_group、Sellimonas、Hafnia.Obesumbacterium、Peptoniphilus;iv)儿童年龄在37个月~6岁时,与头围显著相关的菌群包括:Psychrobacter、TM7x、Odoribacter、Intestinimonas、Paeniglutamicibacter、Leptotrichia、Senegalimassilia、Microbacterium、Enterorhabdus、Tumebacillus、MND1、Holdemania。

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