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申请/专利权人：四川农业大学
摘要：本发明公开了一种调控鸭茅花原基形成的细胞类型鉴定方法，通过结合人工鉴定和软件识别，通过收集并验证标记基因的表达情况，结合标记基因气泡图，tSNE图等图形来可视化各类标记基因的表达情况，以此来完成鸭茅花原基的细胞类型鉴定，该细胞类型鉴定方法稳定可靠，可为从单细胞水平挖掘调控冬性植物花原基发育的关键基因提供理论基础，为非模式植物细胞类型鉴定提供一定参考。
主权项：1.一种调控鸭茅花原基形成的细胞类型鉴定方法，其特征在于，包含如下步骤：步骤1：获取鸭茅花原基样本，进行单细胞转录组测序；步骤2：对测序数据进行质控和细胞表达定量，其中，所述的质控包括对测序结果设置过滤阈值和对测序数据进行归一化处理，所述的过滤阈值设置为过滤掉总基因数大于6800的细胞、总基因数小于440的细胞、线粒体基因比例小于25%的细胞以及UMI总数大于43000的细胞；所述的归一化处理为通过Seurat中的ScaleData方法进行处理；步骤3：单细胞亚群分类及聚类结果可视化，其中，所述的亚群分类为通过softk-meansclustering算法对降维后的数据进行聚类，并通过非线性降维方法对亚群分类结果进行可视化，所述的非线性降维方法包括t-SNE和UMAP；所述的聚类具体为将细胞概率性的分配给cluster，使每个cluster内数据集的多样性最大化，然后计算每个cluster内所有数据集的全局中心，以及每个特定数据集的中心，最后在每个cluster内，基于中心为每个数据集计算校正因子，对细胞进行校正使其向中心聚集；不断重复以上步骤，直到聚类效果趋于稳定；步骤4：细胞类型鉴定，具体为将已知的细胞类型标记基因通过同源基因比较获得鸭茅的标记基因，根据各标记基因在聚类亚群中的表达情况对细胞类型进行区分鉴定。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 四川农业大学 一种调控鸭茅花原基形成的细胞类型鉴定方法
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