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一种提高单细胞多视图聚类精度的方法 

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申请/专利权人:曲阜师范大学

摘要:本发明属于单细胞RNA测序技术的技术领域,涉及数据挖掘、人工智能、算法优化、单细胞多组学领域,特别涉及一种提高单细胞多视图聚类精度的方法:包括以下步骤:计算取得多视图数据{Vm};应用k近邻构建多视角相似性图{Sm};通过将不同视图进行加权得到带权图:优化{Sm}、w、U;根据{Sm}构建H;优化结构图A并进行归一化;融合带权图和结构图,并利用构造对称归一化矩阵T;通过归一化拉普拉斯矩阵L和对特征向量F应用k‑means算法,最后数据点被分成了c个不同细胞类型的簇。本专利的优点在于通过多种技术提升了单细胞聚类的精度。

主权项:1.一种提高单细胞多视图聚类精度的方法,其特征在于包括以下步骤:S01:输入一组数据点,计算细胞和细胞的相似性信息,从单一的单细胞数据生成多视图数据,应用核函数生成多视图数据{Vm},具体如下公式所示: 得到由,和组成的多视图数据{Vm};m表示视图数量,T表示x和y之间的转置;S02:应用k近邻构建多视角相似性图{Sm},通过计算样本之间的距离来确定它们之间的相似性连接关系,具体如下公式所示: 其中,k是邻居数;S03:通过将不同视图进行加权得到带权图:首先初始化构建每个视图的权重wmwm=1m,通过{Sm}和w得到初始化的带权图U,以及初始化F1,具体如下公式所示: 其中U是{Sm}的平均相似性矩阵,求解以下公式获得F1: ;所述的F1是对应U进行特征分解后得到的特征向量;S04:优化{Sm}、w、U,具体如下公式所示: ;S05:根据{Sm}构建H:具体的H构建如下公式所示: 根据H学习一致性结构图A,具体的A的构建如下公式所示: 其中和是权重因子;F2是对应A进行特征分解后得到的特征向量;S06:优化结构图A并进行归一化:使用以下公式生成多视图结构图H, 根据H学习出一个相似矩阵A,A是对应学习出来的结构图;目标函数如下: 其中和是权重因子;在优化A之前,需要先通过S得到H,得到H后通过应用目标函数得到A,然后再进行如下的优化过程。(1)固定F2,更新A,所以目标函数变成 系统将根据如下公式来迭代学习出图A: 更新Aj后归一化A使用如下公式: (2)固定A,更新F2,具体如下公式: 最优的F2由A的拉普拉斯矩阵前c个最小的特征值的特征向量排列而成,最后,得到优化的结构图;c为聚类数;S07:融合带权图和结构图,并利用构造对称归一化矩阵T,具体如下公式所示: S08:应用谱聚类:通过归一化拉普拉斯矩阵L和对特征向量F应用k-means算法,最后数据点被分成了c个不同细胞类型的簇。

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百度查询: 曲阜师范大学 一种提高单细胞多视图聚类精度的方法

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