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申请/专利权人：上海中科荃银分子育种技术有限公司

摘要：本发明本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种快速准确发掘水稻数量性状基因遗传互作的方法。本发明通过在水稻NAM群体中分析子群体基因组中任意两个bin的4种QTL等位基因组合的表型差异P值；选择能够同时被定位到的QTL位点作为候选QTL；对QTL位点及其上下游1Mb范围内进行bin的P值分析及Pbin的合并；对所有QTL及上下游区间的PM值进行FDR分析，根据q值0.01来确定QTL位点的遗传互作；根据LOD值和P值的大小合并QTL位点；从存在遗传互作的水稻QTL位点中发掘出关键的数量性状基因，确定水稻数量性状基因间的遗传互作关系。能够提高水稻数量性状基因遗传互作发掘的准确性。

主权项：1.一种快速准确发掘水稻数量性状基因遗传互作的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1：对水稻NAM群体进行测序和多个环境点的表型鉴定，分析每个材料的染色体基因型，以100kb为1个bin，以任意两个bin的基因型组合将每个子群体分为四组，利用双因素方差分析计算四组株系特定表型的P值，记作Pbin；S2：基于水稻NAM群体的基因型和表型，进行整个群体的全基因组关联分析和每个子群体的连锁分析，发掘与数量性状表型显著相关的数量性状位点，记作关联QTL位点；并对作图群体的每个子群体分别进行连锁分析，发掘每个子群体中与数量性状表型连锁的数量性状位点，记作连锁QTL位点；比较关联QTL位点和所有子群体中连锁QTL位点的位置，将位置接近的QTL位点记为候选QTL位点；S3：在每个子群体中检索任意两个候选QTL位点所在位置前后500kb的bin，取所有bin中P值最小的一对bin作为两个候选QTL位点的遗传互作P值，在每个子群体中检索任意两个候选QTL位点所在位置前后1Mb的bin，取所有bin中P值最小的一对bin作为两个候选QTL位点的遗传互作PM值；S4：汇总所有子群体中QTL位点的遗传互作P值和PM值，计算所有互作对的FDR值，选择FDR值小于0.01的互作对；进一步按照染色体位置，以3Mb或5Mb的范围进行互作对合并，选择FDR值最小的两个区域作为候选区间，两个候选区间内连锁位点的LOD值最大的或关联位点P值最小的候选QTL位点即认为是存在遗传互作的水稻QTL位点；S5：从存在遗传互作的水稻QTL位点中发掘关键的数量性状基因，遗传互作QTL对中的两个基因即为存在遗传互作的水稻数量性状基因。

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