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申请/专利权人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

摘要：本发明属于农业技术领域，具体涉及饲用微生物产品中菌种及风险基因的高通量检测方法。本发明的饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，包括以下步骤：提取待测样品中的微生物的基因组DNA；进行高通量测序；对高通量测序结果进行数据分析，得到每种微生物的丰度；对微生物的丰度进行结果展示，展示结果显示为中文。本发明的方法能有效提取饲用微生物产品中的总DNA，并准确筛选非靶向致病菌，对《饲料添加剂品种目录》中允许使用的菌种含量进行定量分析，可对饲用微生物产品中的耐药基因、可迁移耐药基因和毒力基因进行分析、中文说明目标基因的风险和菌种溯源，有效解决饲用微生物产品存在的问题。

主权项：1.饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：1提取待测样品中的微生物的基因组DNA；提取饲用微生物产品中的微生物的基因组DNA包括以下步骤：1-1取样品，用10×TE缓冲液清洗样品，10×TE缓冲液的组成为Tris-HCl、EDTA；1-2裂解样品中的微生物：向步骤1-1所得样品中加入生理盐水，震荡悬起沉淀，再加入40～60mgmL溶菌酶混匀，37℃反应0.5～4.5h后，离心，弃清液，收集菌体；向收集的菌体中加入锆珠及裂解液，裂解样品中的微生物，其中，样品与裂解液的体积比为1：3～7，所述裂解液包括1～5％SDS、0.5～10×TE缓冲液及0.3～3MNaCl，裂解液的pH为7.0～9.0；加入裂解液后，进行研磨震荡，在65～75℃条件下裂解5～200min，离心，取上清液；1-3向步骤1-2所得的样品中加入核糖核酸酶，去除样品中的RNA；加入1～5mgmL核糖核酸酶，在36.5～37.5℃条件下孵育5分钟-12小时；1-4向步骤1-3所得的样品中加入蛋白酶，去除样品中的蛋白质；加入1～5mgmL蛋白酶K，在65～75℃条件下孵育5分钟-2小时；1-5向步骤1-4所得样品中加入磁珠混合液，吸附细菌DNA，其中，磁珠混合液包括磁珠和PEG，磁珠与PEG的体积比为1：1～4，磁珠的终浓度为0.5～5mgmL；1-6清洗步骤1-5所得的DNA；2对步骤1提取得到的基因组DNA进行高通量测序；若菌种的丰度大于等于1.5％、且小于10％，则分配所述菌种第一标记符；若菌种的丰度大于等于10％，则分配所述菌种第二标记符；3对步骤2的高通量测序结果进行数据分析，得到每种微生物的丰度，4对步骤3所得的微生物的丰度进行结果展示：S1.若菌种属于允许目录中的菌种，则输出菌种的名称和其丰度；S2.若菌种不属于允许目录中的菌种，则判断菌种的丰度，若菌种的丰度大于等于1.5％，则输出菌种的名称和其丰度；若菌种的丰度小于1.5％，则输出所有丰度小于1.5％的菌种的丰度之和。

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百度查询： 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 饲用微生物产品中菌种及风险基因的高通量检测方法